Вопросы с тегом «microarray»

Я использую алгоритм случайного леса в качестве надежного классификатора двух групп в исследовании микроматрицы с тысячами функций. Каков наилучший способ представить случайный лес, чтобы в нем было достаточно информации, чтобы сделать его воспроизводимым на бумаге? Есть ли в R метод заговора для фактического построения дерева, если имеется небольшое количество объектов? …

75 r  machine-learning  classification  random-forest  microarray 

В исследованиях экспрессии генов с использованием микрочипов данные интенсивности должны быть нормализованы, чтобы можно было сравнивать интенсивности между индивидуумами, между генами. Концептуально и алгоритмически, как работает «квантильная нормализация», и как бы вы объяснили это не статистику?

15 genetics  normalization  microarray 

Надеюсь, кто-то на этих форумах поможет мне с этой основной проблемой в исследованиях экспрессии генов. Я сделал глубокое секвенирование экспериментальной и контрольной ткани. Затем я получил значения кратного обогащения генов в экспериментальном образце для контроля. Эталонный геном имеет ~ 15 000 генов. 3000 из 15000 генов обогащены выше определенного порога …

13 r  genetics  bioinformatics  microarray  biostatistics 

Примечание: этот вопрос является репостом, так как мой предыдущий вопрос пришлось удалить по юридическим причинам. Сравнивая PROC MIXED из SAS с функцией lmeиз nlmeпакета в R, я наткнулся на некоторые довольно запутанные различия. Более конкретно, степени свободы в разных тестах различаются между PROC MIXEDи lme, и я задавался вопросом, почему. …

12 r  mixed-model  sas  degrees-of-freedom  pdf  unbiased-estimator  distance-functions  functional-data-analysis  hellinger  time-series  outliers  c++  relative-risk  absolute-risk  rare-events  regression  t-test  multiple-regression  survival  teaching  multiple-regression  regression  self-study  t-distribution  machine-learning  recommender-system  self-study  binomial  standard-deviation  data-visualization  r  predictive-models  pearson-r  spearman-rho  r  regression  modeling  r  categorical-data  data-visualization  ggplot2  many-categories  machine-learning  cross-validation  weka  microarray  variance  sampling  monte-carlo  regression  cross-validation  model-selection  feature-selection  elastic-net  distance-functions  information-theory  r  regression  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  dataset  data-mining 

Следующие прививки взяты из этой статьи . Я новичок в начальной загрузке и пытаюсь реализовать параметрическую, полупараметрическую и непараметрическую загрузку начальной загрузки для линейной смешанной модели с R bootпакетом. Код R Вот мой Rкод: library(SASmixed) library(lme4) library(boot) fm1Cult <- lmer(drywt ~ Inoc + Cult + (1|Block) + (1|Cult), data=Cultivation) fixef(fm1Cult) …

9 r  mixed-model  bootstrap  central-limit-theorem  stable-distribution  time-series  hypothesis-testing  markov-process  r  correlation  categorical-data  association-measure  meta-analysis  r  anova  confidence-interval  lm  r  bayesian  multilevel-analysis  logit  regression  logistic  least-squares  eda  regression  notation  distributions  random-variable  expected-value  distributions  markov-process  hidden-markov-model  r  variance  group-differences  microarray  r  descriptive-statistics  machine-learning  references  r  regression  r  categorical-data  random-forest  data-transformation  data-visualization  interactive-visualization  binomial  beta-distribution  time-series  forecasting  logistic  arima  beta-regression  r  time-series  seasonality  large-data  unevenly-spaced-time-series  correlation  statistical-significance  normalization  population  group-differences  demography