Вопросы с тегом «lme4-nlme»

На этом форуме много обсуждается вопрос о том, как правильно указать различные иерархические модели lmer. Я думал, что было бы здорово иметь всю информацию в одном месте. Пара вопросов для начала: Как указать несколько уровней, где одна группа вложена в другую: это (1|group1:group2)или нет (1+group1|group2)? В чем разница между (~1 …

160 r  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  lme4-nlme 

Вот как я понял вложенные и скрещенные случайные эффекты: Вложенные случайные эффекты возникают, когда фактор более низкого уровня появляется только в пределах определенного уровня фактора более высокого уровня. Например, ученики в классах в определенный момент времени. В lme4Я думал , что мы представляем случайные эффекты для вложенных данных в одном …

88 r  mixed-model  multilevel-analysis  lme4-nlme 

Если мы подгоняем блеск, мы можем получить предупреждение, которое говорит нам, что модели трудно сойтись ... например >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) Другой способ проверить сходимость, обсуждаемую в этой теме @Ben Bolker: relgrad <- …

88 r  mixed-model  lme4-nlme 

Подгонка логистической регрессии с использованием lme4 заканчивается Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. Вероятной причиной этой ошибки, очевидно, является недостаток ранга. Что такое дефицит ранга и как мне его устранить?

87 r  logistic  lme4-nlme 

У меня подходят несколько смешанных моделей эффектов ( в частности , продольные модели) с использованием lme4в Rно хотел бы, чтобы действительно мастер модели и код , который идет с ними. Однако, прежде чем погрузиться обеими ногами (и купить несколько книг), я хочу убедиться, что я изучаю правильную библиотеку. Я привык …

85 r  mixed-model  lme4-nlme 

Я использую lme4 в R, чтобы соответствовать смешанной модели lmer(value~status+(1|experiment))) где значение непрерывно, статус и эксперимент являются факторами, и я получаю Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548 5.911 19.1 Random effects: Groups Name Variance …

56 r  hypothesis-testing  mixed-model  p-value  lme4-nlme 

Раньше я думал, что «модель случайных эффектов» в эконометрике соответствует «смешанной модели со случайным перехватом» вне эконометрики, но теперь я не уверен. Является ли? Эконометрика использует такие термины, как «фиксированные эффекты» и «случайные эффекты», несколько иначе, чем литература по смешанным моделям, и это вызывает печальную путаницу. Рассмотрим простую ситуацию, когда …

56 mixed-model  econometrics  panel-data  lme4-nlme  plm 

Недавно я измерил, как значение нового слова приобретается после многократных воздействий (практика: день с 1 по 10) путем измерения ERP (ЭЭГ), когда слово рассматривалось в разных контекстах. Я также контролировал свойства контекста, например, его полезность для открытия нового значения слова (высокий или низкий). Меня особенно интересует эффект от практики (дней). …

55 r  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model 

Мне интересно, имеет ли это значение при интерпретации того, являются ли логически преобразованными только зависимые, как зависимые, так и независимые, или только независимые переменные. Рассмотрим случай log(DV) = Intercept + B1*IV + Error Я могу интерпретировать IV как процентное увеличение, но как это меняется, когда у меня есть log(DV) = …

46 regression  data-transformation  interpretation  regression-coefficients  logarithm  r  dataset  stata  hypothesis-testing  contingency-tables  hypothesis-testing  statistical-significance  standard-deviation  unbiased-estimator  t-distribution  r  functional-data-analysis  maximum-likelihood  bootstrap  regression  change-point  regression  sas  hypothesis-testing  bayesian  randomness  predictive-models  nonparametric  terminology  parametric  correlation  effect-size  loess  mean  pdf  quantile-function  bioinformatics  regression  terminology  r-squared  pdf  maximum  multivariate-analysis  references  data-visualization  r  pca  r  mixed-model  lme4-nlme  distributions  probability  bayesian  prior  anova  chi-squared  binomial  generalized-linear-model  anova  repeated-measures  t-test  post-hoc  clustering  variance  probability  hypothesis-testing  references  binomial  profile-likelihood  self-study  excel  data-transformation  skewness  distributions  statistical-significance  econometrics  spatial  r  regression  anova  spss  linear-model 

РЕДАКТИРОВАТЬ 2: Первоначально я думал, что мне нужно запустить двухфакторный ANOVA с повторными измерениями на один фактор, но теперь я думаю, что линейная модель смешанного эффекта будет работать лучше для моих данных. Я думаю, что почти знаю, что должно произойти, но все еще смущен несколькими моментами. Эксперименты, которые мне нужно …

41 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

Я хочу получить интервал прогнозирования вокруг прогноза из модели lmer (). Я нашел некоторое обсуждение по этому поводу: http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq но они, похоже, не учитывают неопределенность случайных эффектов. Вот конкретный пример. Я гоняю золотую рыбку. У меня есть данные о последних 100 гонках. Я хочу предсказать 101-й, принимая во внимание …

37 r  mixed-model  prediction  prediction-interval  lme4-nlme 

Численно получить MLE из GLMM сложно, и на практике, я знаю, мы не должны использовать оптимизацию методом грубой силы (например, используя optimпростой способ). Но для моих собственных образовательных целей я хочу попробовать, чтобы убедиться, что я правильно понимаю модель (см. Код ниже). Я обнаружил, что всегда получаю противоречивые результаты glmer(). …

37 r  maximum-likelihood  optimization  lme4-nlme 

EffectsПакет предоставляет очень быстрый и удобный способ для построения результатов линейной модели смешанного эффекта, полученных с помощью lme4пакета . В effectфункции вычисляет доверительные интервалы (ДИ) очень быстро, но , как заслуживающие доверия этих доверительные интервалы? Например: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ batch + (1 | cask), Pastes) …

36 r  mixed-model  confidence-interval  effects  lme4-nlme 

Недавно я понял, что смешанная модель с единственным субъектом в качестве случайного фактора и другими факторами в качестве фиксированных факторов эквивалентна ANOVA при настройке корреляционной структуры смешанной модели на составную симметрию. Поэтому я хотел бы знать, что означает составная симметрия в контексте смешанного (т. Е. Расщепленного) ANOVA, в лучшем случае …

35 correlation  anova  mixed-model  lme4-nlme 

У меня есть данные, собранные из эксперимента, организованного следующим образом: Два участка, каждый с 30 деревьями. 15 лечат, 15 контролируют на каждом участке. Из каждого дерева мы отбираем три куска ствола и три куска корней, так что по 6 образцов первого уровня на дерево, которое представлено одним из двух уровней …

34 r  mixed-model  model  nested-data  lme4-nlme