У меня есть данные, собранные из эксперимента, организованного следующим образом:
Два участка, каждый с 30 деревьями. 15 лечат, 15 контролируют на каждом участке. Из каждого дерева мы отбираем три куска ствола и три куска корней, так что по 6 образцов первого уровня на дерево, которое представлено одним из двух уровней фактора (корень, стебель). Затем из этих образцов ствола / корня мы отбираем две пробы, рассекая разные ткани внутри пробы, что представлено одним из двух уровней факторов для типа ткани (тип ткани A, тип ткани B). Эти образцы измеряются как непрерывная переменная. Общее количество наблюдений составляет 720; 2 участка * 30 деревьев * (три образца ствола + три образца корня) * (один образец ткани A + один образец ткани B). Данные выглядят так ...
ï..Site Tree Treatment Organ Sample Tissue Total_Length
1 L LT1 T R 1 Phloem 30
2 L LT1 T R 1 Xylem 28
3 L LT1 T R 2 Phloem 46
4 L LT1 T R 2 Xylem 38
5 L LT1 T R 3 Phloem 103
6 L LT1 T R 3 Xylem 53
7 L LT1 T S 1 Phloem 29
8 L LT1 T S 1 Xylem 21
9 L LT1 T S 2 Phloem 56
10 L LT1 T S 2 Xylem 49
11 L LT1 T S 3 Phloem 41
12 L LT1 T S 3 Xylem 30
Я пытаюсь соответствовать модели смешанных эффектов, используя R и lme4, но я новичок в смешанных моделях. Я хотел бы смоделировать ответ как Обработка + Фактор уровня 1 (ствол, корень) + Фактор уровня 2 (ткань А, ткань В), со случайными эффектами для конкретных образцов, вложенных в эти два уровня.
В R я делаю это, используя lmer, следующим образом
fit <- lmer(Response ~ Treatment + Organ + Tissue + (1|Tree/Organ/Sample))
Из моего понимания (... который не уверен, и почему я публикую!) Термин:
(1|Tree/Organ/Sample)
Указывает, что «Образец» вложен в образцы органов, которые вложены в дерево. Является ли этот вид вложений актуальным / действительным? Извините, если этот вопрос не ясен, если да, пожалуйста, укажите, где я могу уточнить.