Вопросы с тегом «lme4-nlme»

Я пытаюсь понять, когда использовать случайный эффект, а когда он не нужен. Мне сказали, что эмпирическое правило, если у вас есть 4 или более групп / отдельных лиц, которые я делаю (15 отдельных лосей). Некоторые из этих лосей были эксперименты 2 или 3 раза в общей сложности 29 испытаний. Я …

34 mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model  glmm 

Я хочу установить многоуровневый GLMM с распределением Пуассона (с избыточной дисперсией), используя R. В настоящее время я использую lme4, но я заметил, что недавно quasipoissonсемейство было удалено. В другом месте я видел, что вы можете моделировать аддитивную избыточную дисперсию для биномиальных распределений, добавляя случайный перехват с одним уровнем на наблюдение. …

32 r  mixed-model  poisson-distribution  lme4-nlme  overdispersion 

Надеюсь, что это вопрос, который кто-то здесь может ответить для меня о природе разложения сумм квадратов из модели смешанных эффектов lmer(из пакета lme4 R). Прежде всего я должен сказать, что мне известно о противоречиях с использованием этого подхода, и на практике я бы с большей вероятностью использовал загрузочный LRT для …

30 r  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Мне было интересно, сможет ли кто-нибудь рассказать мне о текущих различиях между этими двумя функциями. Я нашел следующий вопрос: Как выбрать библиотеку nlme или lme4 R для моделей со смешанными эффектами? , но это происходит пару лет назад. Это жизнь в кругах программного обеспечения. Мои конкретные вопросы: Есть ли (все …

30 r  mixed-model  lme4-nlme 

Я хотел бы получить p-значение и величину эффекта независимой категориальной переменной (с несколькими уровнями) - то есть «в целом», а не для каждого уровня в отдельности, как нормальный вывод из lme4R. Это так же, как то, о чем люди сообщают при запуске ANOVA. Как я могу получить это?

28 r  hypothesis-testing  anova  mixed-model  lme4-nlme 

В многоуровневой модели, каковы практические и связанные с интерпретацией последствия оценки, а не оценки параметров корреляции случайных эффектов? Практическая причина спрашивать это состоит в том, что в структуре Лмера в R нет реализованного метода для оценки p-значений с помощью методов MCMC, когда оценки делаются в модели корреляций между параметрами. Например, …

27 r  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model 

Поскольку общий консенсус, по-видимому, заключается в использовании смешанных моделей через lmer()R вместо классического ANOVA (по часто упоминаемым причинам, таким как несбалансированные схемы, перекрестные случайные эффекты и т. Д.), Я хотел бы попробовать его с моими данными. Однако меня беспокоит, что я смогу «продать» этот подход моему руководителю (который ожидает классический …

27 r  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme  references 

Я использую AIC (информационный критерий Акаике) для сравнения нелинейных моделей в R. Допустимо ли сравнивать AIC разных типов моделей? В частности, я сравниваю модель, подобранную с помощью glm, с моделью со случайным термином эффекта, подобранной с помощью glmer (lme4). Если нет, то есть ли способ сделать такое сравнение? Или идея …

27 lme4-nlme  model-selection  aic 

Проблема: Я читал в других сообщениях, которые predictнедоступны для lmerмоделей со смешанными эффектами {lme4} в [R]. Я пытался исследовать эту тему с набором игрушечных данных ... Задний план: Набор данных адаптирован из этого источника и доступен как ... require(gsheet) data <- read.csv(text = gsheet2text('https://docs.google.com/spreadsheets/d/1QgtDcGJebyfW7TJsB8n6rAmsyAnlz1xkT3RuPFICTdk/edit?usp=sharing', format ='csv')) Это первые строки и …

27 r  mixed-model  lme4-nlme 

У меня есть следующий вывод: Generalized linear mixed model fit by the Laplace approximation Formula: aph.remain ~ sMFS2 +sAG2 +sSHDI2 +sbare +season +crop +(1|landscape) AIC BIC logLik deviance 4062 4093 -2022 4044 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. landscape (Intercept) 0.82453 0.90804 Number of obs: 239, groups: landscape, 45 Fixed …

26 mixed-model  poisson-distribution  lme4-nlme 

В настоящее время я использую линейные модели со смешанным эффектом. Я использую пакет "lme4" в R. Мои модели принимают форму: model <- lmer(response ~ predictor1 + predictor2 + (1 | random effect)) Перед запуском моих моделей я проверил возможную мультиколлинеарность между предикторами. Я сделал это путем: Создайте план данных из …

26 r  correlation  mixed-model  lme4-nlme  multicollinearity 

Я просмотрел множество справочных сайтов и все еще не понимаю, как указать более сложные вложенные термины в смешанной модели. Меня также смущает использование :и /и |при указании взаимодействий и вложений со случайными факторами, использующимися lmer()в lme4пакете в R. Для целей этого вопроса давайте предположим, что я точно изобразил свои данные …

26 r  mixed-model  lme4-nlme 

Приведенная ниже блок-цитата от лидеров в области моделирования смешанных эффектов утверждает, что координаты сдвигов в моделях с нулевой корреляцией между случайными эффектами (модели «ZCP») изменяют предсказания модели. Но кто-то может уточнить или обосновать свои требования? Заявления о которых идет речь в Бейтс и др в 2015 документ о lme4, Монтаж …

25 r  mixed-model  lme4-nlme 

lmerTestПакет предоставляет anova()функцию для линейных смешанных моделей с необязательно приближением Саттервейта ( по умолчанию) или Кенворд-Роже степеней свободы (DF). В чем разница между этими двумя подходами? Когда выбрать какой?

25 r  anova  mixed-model  lme4-nlme  degrees-of-freedom 

Я выполнил повторный проект, в ходе которого я протестировал 30 мужчин и 30 женщин в трех разных заданиях. Я хочу понять, как поведение мужчин и женщин отличается и как это зависит от задачи. Я использовал оба пакета lmer и lme4, чтобы исследовать это, однако я застрял при попытке проверить предположения …

25 r  mixed-model  assumptions  lme4-nlme