Вопросы с тегом «mixed-model»

Я в настоящее время использую пакет R lme4 . Я использую линейные модели смешанных эффектов со случайными эффектами: library(lme4) mod1 <- lmer(r1 ~ (1 | site), data = sample_set) #Only random effects mod2 <- lmer(r1 ~ p1 + (1 | site), data = sample_set) #One fixed effect + # random …

37 r  regression  mixed-model  random-effects-model 

EffectsПакет предоставляет очень быстрый и удобный способ для построения результатов линейной модели смешанного эффекта, полученных с помощью lme4пакета . В effectфункции вычисляет доверительные интервалы (ДИ) очень быстро, но , как заслуживающие доверия этих доверительные интервалы? Например: library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ batch + (1 | cask), Pastes) …

36 r  mixed-model  confidence-interval  effects  lme4-nlme 

При каких условиях следует рассмотреть возможность использования многоуровневого / иерархического анализа в отличие от более базового / традиционного анализа (например, ANOVA, регрессия OLS и т. Д.)? Есть ли ситуации, в которых это можно считать обязательным? Существуют ли ситуации, в которых использование многоуровневого / иерархического анализа нецелесообразно? И, наконец, какие есть …

36 mixed-model  multilevel-analysis 

Недавно я понял, что смешанная модель с единственным субъектом в качестве случайного фактора и другими факторами в качестве фиксированных факторов эквивалентна ANOVA при настройке корреляционной структуры смешанной модели на составную симметрию. Поэтому я хотел бы знать, что означает составная симметрия в контексте смешанного (т. Е. Расщепленного) ANOVA, в лучшем случае …

35 correlation  anova  mixed-model  lme4-nlme 

У меня есть данные, собранные из эксперимента, организованного следующим образом: Два участка, каждый с 30 деревьями. 15 лечат, 15 контролируют на каждом участке. Из каждого дерева мы отбираем три куска ствола и три куска корней, так что по 6 образцов первого уровня на дерево, которое представлено одним из двух уровней …

34 r  mixed-model  model  nested-data  lme4-nlme 

Я пытаюсь понять, когда использовать случайный эффект, а когда он не нужен. Мне сказали, что эмпирическое правило, если у вас есть 4 или более групп / отдельных лиц, которые я делаю (15 отдельных лосей). Некоторые из этих лосей были эксперименты 2 или 3 раза в общей сложности 29 испытаний. Я …

34 mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model  glmm 

Мне интересно, в чем различия между смешанными и несмешанными GLM. Например, в SPSS раскрывающееся меню позволяет пользователям выбрать: analyze-> generalized linear models-> generalized linear models & analyze-> mixed models-> generalized linear Они имеют дело с отсутствующими значениями по-другому? Моя зависимая переменная является двоичной, и у меня есть несколько категориальных и …

34 mixed-model  generalized-linear-model  glmm  gee 

Дорогие, я заметил нечто странное, что не могу объяснить, не так ли? В итоге: ручной подход к вычислению доверительного интервала в модели логистической регрессии и функция R confint()дают разные результаты. Я проходил Прикладную логистическую регрессию Хосмера и Лемешоу (2-е издание). В 3-й главе приведен пример расчета отношения шансов и 95% …

34 r  regression  logistic  confidence-interval  profile-likelihood  correlation  mcmc  error  mixture  measurement  data-augmentation  r  logistic  goodness-of-fit  r  time-series  exponential  descriptive-statistics  average  expected-value  data-visualization  anova  teaching  hypothesis-testing  multivariate-analysis  r  r  mixed-model  clustering  categorical-data  unsupervised-learning  r  logistic  anova  binomial  estimation  variance  expected-value  r  r  anova  mixed-model  multiple-comparisons  repeated-measures  project-management  r  poisson-distribution  control-chart  project-management  regression  residuals  r  distributions  data-visualization  r  unbiased-estimator  kurtosis  expected-value  regression  spss  meta-analysis  r  censoring  regression  classification  data-mining  mixture 

У меня есть модель смешанного эффекта (фактически обобщенная аддитивная смешанная модель), которая дает мне прогнозы для временных рядов. Чтобы противодействовать автокорреляции, я использую модель corCAR1, учитывая тот факт, что у меня отсутствуют данные. Предполагается, что данные дают мне полную нагрузку, поэтому мне нужно суммировать за весь интервал прогнозирования. Но я …

32 mixed-model  variance  random-variable 

Я хочу установить многоуровневый GLMM с распределением Пуассона (с избыточной дисперсией), используя R. В настоящее время я использую lme4, но я заметил, что недавно quasipoissonсемейство было удалено. В другом месте я видел, что вы можете моделировать аддитивную избыточную дисперсию для биномиальных распределений, добавляя случайный перехват с одним уровнем на наблюдение. …

32 r  mixed-model  poisson-distribution  lme4-nlme  overdispersion 

Я пытаюсь проанализировать некоторые данные, используя модель смешанного эффекта. Собранные мной данные показывают вес некоторых молодых животных с различным генотипом с течением времени. Я использую предлагаемый здесь подход: https://gribblelab.wordpress.com/2009/03/09/repeated-measures-anova-using-r/ В частности я использую решение № 2 Так у меня что то типа require(nlme) model <- lme(weight ~ time * Genotype, …

31 r  anova  mixed-model  multiple-comparisons  repeated-measures 

Надеюсь, что это вопрос, который кто-то здесь может ответить для меня о природе разложения сумм квадратов из модели смешанных эффектов lmer(из пакета lme4 R). Прежде всего я должен сказать, что мне известно о противоречиях с использованием этого подхода, и на практике я бы с большей вероятностью использовал загрузочный LRT для …

30 r  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Мне было интересно, сможет ли кто-нибудь рассказать мне о текущих различиях между этими двумя функциями. Я нашел следующий вопрос: Как выбрать библиотеку nlme или lme4 R для моделей со смешанными эффектами? , но это происходит пару лет назад. Это жизнь в кругах программного обеспечения. Мои конкретные вопросы: Есть ли (все …

30 r  mixed-model  lme4-nlme 

Я хотел бы получить p-значение и величину эффекта независимой категориальной переменной (с несколькими уровнями) - то есть «в целом», а не для каждого уровня в отдельности, как нормальный вывод из lme4R. Это так же, как то, о чем люди сообщают при запуске ANOVA. Как я могу получить это?

28 r  hypothesis-testing  anova  mixed-model  lme4-nlme 

Я надеюсь, что вы все не возражаете против этого вопроса, но мне нужна помощь в интерпретации выходных данных для выходных данных модели линейных смешанных эффектов, которые я пытался научиться делать в R. Я новичок в продольном анализе данных и регрессии линейных смешанных эффектов. У меня есть модель, которую я определяю …

28 r  mixed-model  interpretation  panel-data