Вычислительная наука

В моделировании полупроводников, как правило, уравнения масштабируются, чтобы они имели нормированные значения. Например, в крайних случаях плотность электронов в полупроводниках может варьироваться более чем на 18 порядков, а электрическое поле может изменяться более чем на 6 (или более) порядков. Тем не менее, документы никогда не дают оснований для этого. Лично …

15 pde  condition-number  scaling 

Я разрабатываю некоторый более крупный код для выполнения вычислений по собственным значениям огромных разреженных матриц в контексте вычислительной физики. Я проверяю свои процедуры против простого гармонического осциллятора в одном измерении, поскольку собственные значения хорошо известны аналитически. Делая это и сравнивая мои собственные процедуры со встроенными решателями SciPy, я столкнулся со …

15 python  sparse-matrix  numpy  eigenvalues 

Иногда при оптимизации кода требуется время для определенных частей кода, я годами использовал следующее, но мне было интересно, есть ли более простой / лучший способ сделать это? call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the time rate call system_clock(count=clock_start) !Start Timer call do_something_subroutine !This is what gets timed call system_clock(count=clock_stop) ! Stop Timer e_time …

15 optimization  fortran  profiling 

Я слышал анекдотично, что когда кто-то пытается численно сделать интеграл вида ∫∞0е( х ) J0(х )д х∫0∞е(Икс)J0(Икс)dИкс\int_0^\infty f(x) J_0(x)\,\mathrm{d}x с сглаженным и хорошо себя ведет (например, не сам колеблющийся, неособой и т. д.), то это поможет точность переписать его каке( х )е(Икс)f(x) 1π∫π0∫∞0е( х ) потому( хгрехθ )д хд θ1π∫0π∫0∞е(Икс)соз⁡(Иксгрех⁡θ)dИксdθ\frac{1}{\pi}\int_0^\pi …

15 quadrature  special-functions 

У меня есть набор данных и я хочу найти параметр m такой, чтобы он минимизировал сумму k ∑ i = 1 | м - х я | , то естьx1,x2,…,xkx1,x2,…,xkx_{1}, x_{2}, \ldots, x_{k}mmm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.∑i=1k|m−xi|.\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|. minm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.minm∑i=1k|m−xi|.\min_{m}\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|.

15 optimization  convex-optimization 

Что такое коррекция противовеса? Можете ли вы объяснить, когда это необходимо и почему?

15 computational-chemistry  basis-set 

Я использую HDF5 в течение многих лет, но с ростом размера набора данных у меня начинаются те же проблемы, что и здесь http://cyrille.rossant.net/moving-away-hdf5/ Можете ли вы указать мне формат HDF5 с - Хорошая поддержка параллельной записи - Поддержка кускового доступа огромных матриц Мой типичный пример использования - целочисленная матрица размером …

15 data-storage 

Я хотел бы вывести системы решения ODE на графические процессоры в «тривиально распараллеливаемой» обстановке. Например, анализ чувствительности с 512 различными наборами параметров. В идеале я хочу решать ODE с помощью интеллектуального адаптивного временного шага, такого как CVODE, а не с фиксированным временным шагом, как Forward Euler, но запускать его на …

15 ode  gpu 

Я делаю некоторые моделирования уравнения Ланжевена для различных внешних сил. Мне сказали, что C's rand()from stdlib.hможет внести в мои результаты смещение, я использую Twister Mersenne. Тем не менее, я хотел бы знать (и посмотреть), какие именно ошибки линейный конгруэнтный генератор может внести в мое моделирование. Это то, что я пробовал: …

14 computational-physics 

Я распараллеливаю код для численного решения пятимерной модели баланса населения. В настоящее время у меня есть очень хороший параллельный код MPICH2 в FORTRAN, но когда мы увеличиваем значения параметров, массивы становятся слишком большими, чтобы работать в режиме распределенной памяти. У меня есть доступ к кластеру с 15 узлами, где каждый …

14 parallel-computing  fortran  numerics  mpi  compiling 

Я решаю систему двух связанных PDE в двух пространственных измерениях и во времени в вычислительном отношении. Поскольку оценки функций являются дорогостоящими, я бы хотел использовать многошаговый метод (инициализированный с использованием Runge-Kutta 4-5). Метод Адамса-Башфорта, использующий пять предыдущих оценок функций, имеет глобальную ошибку O(h5)O(h5)O(h^5) (это тот случай, когда s=5s=5s=5 в статье …

14 pde  algorithms  finite-element  error-estimation 

В настоящее время я пишу свою докторскую диссертацию. Я потратил значительную часть своей докторской степени на очистку и расширение существующего научного кода, применяя лучшие методы разработки программного обеспечения, которые ранее не использовались, и хотел бы написать об этом в своей диссертации. Вместо того, чтобы просто сказать «я добавил юнит-тесты», я …

14 reference-request 

Кто-нибудь здесь использовал научные вычисления двойной точности с графическими процессорами нового поколения (например, K20) через Python? Я знаю, что эта технология быстро развивается, но каков наилучший способ сделать это в настоящее время? GPU не входит в число популярных научных библиотек Python numpy и scipy, и я хотел использовать theano, но, …

14 python  gpu  precision 

Я сравниваю два итерационных метода для обращения случайных квадратных матриц. Поскольку матрицы являются случайными, каждый тестовый пример занимает как разное количество итераций, так и разное затраченное время. Мой вопрос, помимо среднего времени ЦП, является средним значением итераций, взятых обоими методами, полезной информацией для сравнения методов.

14 performance  benchmarking 

Я только начал возиться с FEniCS. Я решаю Пуассона с элементами 3-го порядка и хотел бы визуализировать результаты. Однако, когда я использую plot (u), визуализация - это просто линейная интерполяция результатов. Я получаю то же самое, когда выхожу на ВТК. В другом коде, с которым я работаю, я написал выводчик …

14 finite-element  fenics