Вопросы с тегом «petsc»

У меня есть несколько сложных невыпуклых задач глобальной оптимизации. В настоящее время я использую MATLAB Optimization Toolbox (в частности, fmincon()с алгоритмом = 'sqp'), что довольно эффективно . Тем не менее, большая часть моего кода написана на Python, и я бы тоже хотел провести оптимизацию на Python. Есть ли решатель НЛП …

77 python  optimization  nonlinear-programming  linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix  ode  automatic-differentiation  efficiency  matrix  symbolic-computation  pde  multiphysics  operator-splitting  fluid-dynamics  pde  multigrid  pde  hyperbolic-pde  quadrature  precision  numerical-analysis  fluid-dynamics  interpolation  c  ode  testing  data-sets  pde  fluid-dynamics  hyperbolic-pde  pde  finite-element  fluid-dynamics  stability  incompressible  pde  hyperbolic-pde  fluid-dynamics  pde  precision  floating-point  convex-optimization  conditioning  pde  hyperbolic-pde  stability  implicit-methods  explicit-methods  fluid-dynamics  accuracy  pde  hyperbolic-pde  petsc  linear-algebra 

Что может пойти не так, если использовать методы Крылова из KSP ( пакет линейного решателя PETSc ) с предварительными именами для решения разреженной линейной системы, например, полученной путем дискретизации и линеаризации уравнений в частных производных? Какие шаги я могу предпринять, чтобы определить, что идет не так для моей проблемы? Какие …

26 linear-algebra  petsc  preconditioning  krylov-method  iterative-method 

Насколько я могу судить, две большие универсальные программные платформы Министерства вычислительной науки США - PETSc и Trilinos . На первый взгляд они кажутся похожими, за исключением различий в языке (C против C ++). Каковы основные различия между двумя структурами и какие факторы должны влиять на выбор одного из других? (Игнорировать …

24 petsc  software  trilinos 

Я использую пакет нелинейных решателей PETSc SNES для решения системы нелинейных уравнений, полученных путем дискретизации уравнения в частных производных. Как я могу определить, почему решатель не сходится и что я могу сделать, чтобы успешно решить мои уравнения?

22 petsc  pde  implicit-methods 

Я планирую использовать multigrid для вычисления некоторых собственных значений и векторов, и я заметил, что PETSc имеет высокоуровневую поддержку multigrid. Документация PETSc гласит, что эту часть PETSc не следует использовать, поскольку она скоро будет заменена. Какие другие библиотеки имеют высокоуровневую поддержку многосеток, и примерно как скоро PETSc выпустит новую многосеточную …

17 petsc  libraries  multigrid 

Я хотел бы знать, есть ли быстрый способ вычисления евклидова расстояния двух векторов в октаве. Кажется, что для этого нет специальной функции, так что я должен просто использовать формулу с sqrt?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

У меня есть PETSc, Matи я хочу оценить его состояние.

15 petsc  linear-algebra 

Везде, где я видел, учебник / документы PETSc и т. Д. Говорят, что это полезно для линейной алгебры и обычно указывает, что разреженные системы принесут пользу. Как насчет плотных матриц? Я обеспокоен тем, о решении для плотного .AAx=bAx=bAx=bAAA Я написал свой собственный код для CG и QMR на Фортране. Основная …

14 linear-algebra  petsc  blas 

Я играл с PETSc и заметил, что когда я запускаю свою программу с несколькими процессами через MPI, она, кажется, работает еще медленнее ! Как я могу проверить, что происходит?

14 linear-algebra  petsc 

Обычно я пишу последовательный код, а когда я делаю, я пишу модульные тесты с помощью некоторой среды тестирования в стиле xUnit (MATLAB xUnit, PyUnit / nose или среды тестирования Google C ++). Основываясь на беглом поиске в Google, я мало что видел в том, как практикующие юнит тестируют код, использующий …

13 parallel-computing  petsc  mpi  testing  reproducibility 

Вопрос: Какие методы доступны для точного и эффективного расчета разреженной структуры матрицы конечных элементов? Информация: я работаю над решателем уравнения давления Пуассона, использую метод Галеркина с квадратичной базой Лагранжа, написанный на C, и использую PETSc для хранения разреженных матриц и подпрограмм KSP. Чтобы эффективно использовать PETSc, мне нужно предварительно выделить …

13 matrix  finite-element  petsc  performance 

Моя система представляет собой симметричную задачу КЭ с множителями Лагранжа (например, несжимаемый поток Стокса): ( АВВTС)(AВTВС)\begin{pmatrix}A & B^T \\ B & C\end{pmatrix} где - типичный случай (я даже удостоверился, что уравнения пронумерованы так, чтобы множители Лагранжа появились последними). Система довольно большая (+ 100 тыс. Строк).С= 0Сзнак равно0C = 0 Прочитав …

12 finite-element  petsc  krylov-method  preconditioning 

Мне нужно решить ту же самую разреженную линейную систему (от 300x300 до 1000x1000) со многими правыми сторонами (от 300 до 1000). В дополнение к этой первой проблеме, я также хотел бы решить различные системы, но с одинаковыми ненулевыми элементами (только с разными значениями), то есть с множеством разреженных систем с …

12 linear-algebra  petsc  linear-solver  sparse-matrix 

Насколько медленнее petsc4py против c / c ++ / fortran? Я понимаю, что это будет в значительной степени зависеть от выполняемого кода, но как насчет чего-то простого, такого как матрично-векторный продукт?

11 petsc  python 

Вот типичное использование указателей на функции в C. Я хотел бы сделать нечто подобное в Fortran. У меня есть некоторые идеи, но я хотел бы знать, есть ли какой-то канонический способ сделать это. Указатели и контексты функций, переданные пользователем, сохраняются, а затем вызываются позже. typedef PetscErrorCode (*TSIFunction)(TS,PetscReal,Vec,Vec,Vec,void*); PetscErrorCode TSSetIFunction(TS ts,Vec …

11 petsc  fortran