Вопросы с тегом «efficiency»

У меня есть несколько сложных невыпуклых задач глобальной оптимизации. В настоящее время я использую MATLAB Optimization Toolbox (в частности, fmincon()с алгоритмом = 'sqp'), что довольно эффективно . Тем не менее, большая часть моего кода написана на Python, и я бы тоже хотел провести оптимизацию на Python. Есть ли решатель НЛП …

77 python  optimization  nonlinear-programming  linear-algebra  linear-solver  sparse-matrix  ode  automatic-differentiation  efficiency  matrix  symbolic-computation  pde  multiphysics  operator-splitting  fluid-dynamics  pde  multigrid  pde  hyperbolic-pde  quadrature  precision  numerical-analysis  fluid-dynamics  interpolation  c  ode  testing  data-sets  pde  fluid-dynamics  hyperbolic-pde  pde  finite-element  fluid-dynamics  stability  incompressible  pde  hyperbolic-pde  fluid-dynamics  pde  precision  floating-point  convex-optimization  conditioning  pde  hyperbolic-pde  stability  implicit-methods  explicit-methods  fluid-dynamics  accuracy  pde  hyperbolic-pde  petsc  linear-algebra 

Одной из основных проблем, с которой нам приходится сталкиваться при молекулярном моделировании, является расчет сил, зависящих от расстояния. Если мы можем ограничить функции силы и расстояния четными степенями расстояния разделения , то мы можем просто вычислить квадрат расстояния и не беспокоиться о . Однако, если существуют нечетные степени, нам нужно …

26 efficiency 

Я запускаю моделирование молекулярной динамики (MD), используя несколько программных пакетов, таких как Gromacs и DL_POLY. Gromacs теперь поддерживает как алгоритмы разложения частиц, так и разложения доменов. По умолчанию в моделированиях Gromacs используется декомпозиция домена, хотя в течение многих лет, до недавнего времени, декомпозиция частиц была единственным методом, реализованным в Gromacs. …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

Моя исследовательская группа фокусируется на молекулярной динамике, которая, очевидно, может генерировать гигабайты данных как часть одной траектории, которую затем необходимо проанализировать. Некоторые из проблем, с которыми мы сталкиваемся, связаны с корреляциями в наборе данных, что означает, что нам нужно отслеживать большие объемы данных в памяти и анализировать их, а не …

15 python  c  efficiency 

Я читал, что если, например, у меня есть двойной forцикл, который работает над индексами матрицы, то размещение индекса выполнения столбца во внешнем цикле более эффективно. Например: a=zeros(1000); for j=1:1000 for i=1:1000 a(i,j)=1; end end Каков наиболее эффективный способ его кодирования, если у меня три или более forциклов? Например: a=zeros(100,100,100); for …

12 matlab  efficiency 

Я заинтересован в настройке вычислений для проверки соответствия критерию расстояния: расстояние между вектором и вектором пыльника x j должно быть меньше некоторого значения r m a x . Мои данные разделены по ортогональной сетке координат. Поскольку моя отсечка меньше расстояния между конечными точками координат ближайшего соседа, я бы хотел добавить …

12 efficiency 

Автоматическое дифференцирование позволяет нам численно оценить производную программы на конкретном входе. Существует теорема, что это вычисление может быть выполнено со стоимостью, в пять раз меньшей стоимости запуска оригинальной программы. Этот коэффициент пять является верхней границей. В каких ситуациях эта стоимость может быть дополнительно уменьшена? Многие производные коды в поле работают …

12 automatic-differentiation  efficiency 

Закрыто. Этот вопрос не по теме . В настоящее время он не принимает ответы. Хотите улучшить этот вопрос? Обновите вопрос, чтобы он подходил для обмена стеками вычислительной науки. Закрыто 5 лет назад . Существует ли степень сложности, которая больше, чем и меньше, чем ?O(n)O(n)O(n)O(nlogn)O(nlog⁡n)O(n \log n)

10 algorithms  complexity  efficiency 

Я пытаюсь понять разницу между этими двумя видеокартами для академических вычислений, особенно для компонента DGEMM. Если мы посмотрим на необработанные статистические данные, оба имеют одинаковый чип GK110, имеют сопоставимые статистические данные практически во всех категориях и, как мне кажется, имеют одинаковую архитектуру ядра. До каких-либо скидок K20X примерно в 4 …

10 performance  gpu  efficiency 

Каков современный способ реализации специальных функций двойной точности? Мне нужен следующий интеграл: для и , что можно записать в терминах нижней неполной гамма-функции. Вот моя реализация на Фортране и Си: м=0,1,2,. , , t>0Fм( т ) = ∫10U2 ме- т у2dу = γ( м + 12, т )2 тм + …

10 efficiency  accuracy  special-functions