Вычислительная наука c

17

Есть ли качественный решатель нелинейного программирования для Python?

У меня есть несколько сложных невыпуклых задач глобальной оптимизации. В настоящее время я использую MATLAB Optimization Toolbox (в частности, fmincon()с алгоритмом = 'sqp'), что довольно эффективно . Тем не менее, большая часть моего кода написана на Python, и я бы тоже хотел провести оптимизацию на Python. Есть ли решатель НЛП …

77 python optimization nonlinear-programming linear-algebra linear-solver sparse-matrix ode automatic-differentiation efficiency matrix symbolic-computation pde multiphysics operator-splitting fluid-dynamics pde multigrid pde hyperbolic-pde quadrature precision numerical-analysis fluid-dynamics interpolation c ode testing data-sets pde fluid-dynamics hyperbolic-pde pde finite-element fluid-dynamics stability incompressible pde hyperbolic-pde fluid-dynamics pde precision floating-point convex-optimization conditioning pde hyperbolic-pde stability implicit-methods explicit-methods fluid-dynamics accuracy pde hyperbolic-pde petsc linear-algebra

6

Насколько лучше на самом деле компиляторы Фортрана?

Этот вопрос является продолжением двух обсуждений, недавно появившихся в ответах на " C ++ против Fortran for HPC ". И это больше вызов, чем вопрос ... Один из наиболее часто звучащих аргументов в пользу Fortran заключается в том, что компиляторы просто лучше. Поскольку большинство компиляторов C / Fortran используют один …

74 fortran c blas benchmarking

17

Распространено не использовать библиотеки для стандартных числовых алгоритмов, и почему?

Многие численные алгоритмы (интеграция, дифференцирование, интерполяция, специальные функции и т. Д.) Доступны в библиотеках научных вычислений, таких как GSL . Но я часто вижу код с «ручными» реализациями этих функций. Для небольших программ, которые не обязательно предназначены для публичного распространения, является ли обычной практикой среди специалистов по вычислительной технике самостоятельное …

54 libraries c

8

Разбор данных о структуре белка в С

Мой опыт в области геномики, но я недавно работал над проблемами, связанными со структурой белка. Я написал несколько соответствующих программ на C, создавая собственный анализатор PDB-файлов с самого начала. Я не беспокоился о создании действительно надежного синтаксического анализатора, я просто знал, что его создание будет лучшим способом заставить себя по-настоящему …

17 computational-biology pdb c

3

Стратегии ввода / вывода для вычислительных задач с большими наборами данных?

Моя исследовательская группа фокусируется на молекулярной динамике, которая, очевидно, может генерировать гигабайты данных как часть одной траектории, которую затем необходимо проанализировать. Некоторые из проблем, с которыми мы сталкиваемся, связаны с корреляциями в наборе данных, что означает, что нам нужно отслеживать большие объемы данных в памяти и анализировать их, а не …

15 python c efficiency

5

Вычислить

Функция имеет особенность вблизи . Эту особенность можно снять, однако: для следует иметь , поскольку И, следовательно, Однако форма не только не определена в , он также численно нестабилен в окрестности этой точки; чтобы оценить для очень малых численно, можно использовать разложение Тейлора, то есть усечение вышеупомянутого степенного ряда.x = …

13 c++ c

4

Является ли С медленнее, чем Фортран, в спектральной норме (с использованием gcc, intel и других компиляторов)?

Вывод здесь: Насколько лучше на самом деле компиляторы Фортрана? в том, что gfortran и gcc так же быстры для простого кода. Поэтому я хотел попробовать что-то более сложное. Я взял пример спектральной нормы. Сначала я рассчитываю 2D матрицу A (:, :), а затем вычисляю норму. (Это решение не допускается в …

13 fortran c

1

Есть ли инструмент, который может генерировать интервальные расширения функций Fortran (или C) путем анализа кода Fortran (или C)?

Тематические исследования в моей докторской диссертации требуют, чтобы у меня были расширения интервалов подпрограмм Фортрана в CHEMKIN-II (извинения за ссылку; это лучшее, что я мог найти для пакета, который больше не распространяется Национальной лабораторией Сандиа). CHEMKIN-II - химический пакет, используемый в химии горения; поскольку это стандартный пакет, используемый для сжигания, …

13 fortran c automatic-differentiation interval-arithmetic

2

Существует ли открытый набор решателей ODE для C, использующий собственный сложный тип C99?

Я использовал GSL в качестве основы для многих моих симуляций, но это немного излишне для моих целей и определяет собственный сложный тип по старым причинам. Вместо того, чтобы кодировать мой собственный решатель ODE Runge-Kutta, который, вероятно, не очень эффективен, существуют ли какие-либо решатели ODE с открытым исходным кодом, которые используют …

12 c ode

3

Проверка, имеют ли две матрицы 12x12 одинаковый определитель

Мне дают матрицу Q которая является симметричной, обратимой, положительно определенной и плотной. Мне нужно проверить, если det, где J является матрицей всех единиц.12 × 1212×1212 \times 12QQQdet ( Q ) = det ( 12 I- Q - J)( 1 )йе(Q)знак равнойе(12я-Q-J)(1)\det(Q) = \det(12I-Q-J) \; \; (1)JJJ В настоящее время я …

11 linear-algebra matrix c++ graph-theory c

4

Ищем Рунге-Кутта 8-го порядка в C / C ++

Я хотел бы использовать метод 8-го порядка Рунге-Кутты (89) в приложении по небесной механике / астродинамике, написанном на C ++, на машине Windows. Поэтому мне интересно, знает ли кто-нибудь хорошую библиотеку / реализацию, которая документирована и бесплатна для использования? Это нормально, если он написан на C, если нет никаких проблем …

10 c++ reference-request libraries c runge-kutta

3

Большая часть моего программирования - это одноразовые исследовательские коды на Си для моего собственного использования. Я никогда не распространял никакого кода, кроме близких соавторов. Я разработал алгоритм, который я публикую в научном журнале. Я хочу предоставить исходный код и, возможно, исполняемый код в онлайн-дополнении к статье. Коллега попросил, чтобы я …

9 linear-solver libraries c++ c

3

Как узнать, векторизован ли мой код компилятором?

Как видно из ответа Джеда Брауна « Затраты на поиск по сравнению с вычислениями» , использование векторизованных и не векторизованных операций с плавающей запятой приводит к гораздо более быстрому коду. Многие современные компиляторы утверждают, что они могут выполнять автоматическую векторизацию. Как мне определить, какие части моего кода успешно векторизованы?

9 fortran c compiling vectorization

Вопросы с тегом «c»