Вопросы с тегом «computational-chemistry»

Недавно я столкнулся с формулировкой мета-феномена : « два - это легко, три - трудно » (так сформулировал Федерико Полони), которую можно описать следующим образом: Когда определенная проблема сформулирована для двух сущностей, ее относительно легко решить; однако алгоритм для формулировки трех сущностей значительно усложняет задачу, возможно, даже делая решение неосуществимым …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

Вам удалось наконец выяснить, как атомы пространственно расположены на вашей недавно обнаруженной молекулярной сущности. С помощью, скажем, спектроскопических средств вы теперь обладаете множеством координат атомов, типов атомов, длин связей, типов связей и тому подобного для вашей молекулы. Теперь вы заинтересованы в определении точечной группы (группы симметрии) вашей молекулы. Для простых …

18 computational-chemistry 

Я читал о вычислительной науке в Википедии, но мое понимание не очень ясно. Включает ли вычислительная наука программирование? Насколько отличается вычислительная наука от вычислительной _ ____ , где пробелом может быть любая дисциплина (материаловедение, инженерия, химия, биология и т. Д.)? (Я буду заниматься вычислительной материаловедением.)

16 computational-chemistry  education 

В частности, я хочу расширить работу с B3LYP, начатую с Gaussian 03, но продолженную с GAMESS-US. Энергии, предоставляемые стандартными методами B3LYP, не одинаковы. Об этом говорится в руководстве GAMESS-US (раздел «Дополнительная информация»): Обратите внимание, что B3LYP в GAMESS частично основан на корреляционном функционале электронного газа VWN5. Поскольку в статье VWN …

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

Что такое коррекция противовеса? Можете ли вы объяснить, когда это необходимо и почему?

15 computational-chemistry  basis-set 

Существуют ли случаи, когда Хартри-Фок не является хорошим приближением для расчета равновесной геометрии, когда молекула находится в состоянии, не нарушающем связь?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

Я новичок в программировании и пытаюсь решить свою первую большую проблему и написать свою первую большую программу. Я искал примеры кода с открытым исходным кодом для изучения, но до сих пор нашел код только на тех языках, которые я не до конца понимаю, или это делает связанные, но слишком далекие …

12 computational-chemistry  python  visualization 

Белки, как правило, представлены в виде мультфильмов, с β-листами в виде стрелок и α-спиралями в виде катушек: Мне интересно, есть ли где-нибудь ссылка, которая описывает конструкцию этого представления? То есть, какие математические объекты используются для построения этой графики, и на каких атомах / направлениях они построены?

12 computational-chemistry  visualization 

Есть ли алгоритм, который перечисляет графики, которые соответствуют некоторой тесселяции Делоне точек в 3D? Если да, есть ли эффективная параметризация геометрии, которая соответствует любому «графу Делоне»? Я стремлюсь систематически перечислять все стабильные геометрии молекул определенного состава без какого-либо априорного знания о связывании и т. Д. РЕДАКТИРОВАТЬ: Пусть будет множество графов …

12 algorithms  computational-chemistry  delaunay-triangulation 

Я делаю 1d и 2d изображения с использованием Matlab прямо сейчас для сравнения точности с данной моделью. Мне нужно сравнить мои методы со стандартной гауссовой моделью .wfn, и я собираюсь сделать это путем анализа плотности молекулы, а также лапласиана. Я заинтересован в создании двумерных изображений различий в моем приближении к …

11 matlab  computational-chemistry  publications 

Я хотел бы представить молекулярную вибрацию, которая не является нормальным режимом. Я хотел бы представить статическое, векторное представление движения, и мне нужна гибкость в векторном стиле (размер, цвет и т. Д.). Я также заинтересован в создании видео вибрации. Какие хорошие ресурсы для отображения молекулярных колебаний? Я предпочитаю инструменты с открытым …

11 computational-chemistry 

В методе самосогласованного поля Хартри-Фока для решения не зависящего от времени электронного уравнения Шредингера мы стремимся минимизировать энергию основного состояния, , системы электронов во внешнем поле относительно выбора спина орбитали, .E0E0E_{0}{χi}{χi}\{\chi_{i}\} Мы делаем это путем итеративного решения одноэлектронных уравнений Хартри-Фока: где - спин / пространственная координата электрона i , \ …

10 computational-chemistry  iterative-method  convergence  hartree-fock 

Говорят, что некоторые базисы "согласованы по корреляции". Что это означает на практике?

10 computational-chemistry  basis-set