Вычислительная наука

Предположим, у меня есть матричное уравнение, рекурсивно определенное как A[n] = inverse([1 - b[n]A[n+1]]) * a[n] Тогда уравнение для A [1] выглядит аналогично непрерывной дроби, для которой есть несколько высокоэффективных методов, позволяющих избежать утомительного пересчета (см. «Числовые рецепты» для некоторых примеров). Однако мне интересно, существуют ли аналогичные методы, которые позволяют …

18 algorithms 

Я только что установил графическую карту Nvidia GT660 на свой рабочий стол, и после некоторой борьбы мне удается связать ее с R. Я играл с несколькими R-пакетами, использующими графические процессоры, особенно gputools, и сравнивал время, затрачиваемое моим GPU и процессором на выполнение некоторых основных операций: инвертирующие матрицы (процессор быстрее) декомпозиция …

18 r  gpu 

Вам удалось наконец выяснить, как атомы пространственно расположены на вашей недавно обнаруженной молекулярной сущности. С помощью, скажем, спектроскопических средств вы теперь обладаете множеством координат атомов, типов атомов, длин связей, типов связей и тому подобного для вашей молекулы. Теперь вы заинтересованы в определении точечной группы (группы симметрии) вашей молекулы. Для простых …

18 computational-chemistry 

Я разрабатываю код для моделирования потока жидкости с биологическими веществами, присутствующими в потоке. Это включает в себя стандартные уравнения Навье-Стокса, связанные с некоторыми дополнительными биологическими моделями. Есть много параметров / констант. Я написал функции для обработки основных вычислений, но проблема, с которой я сталкиваюсь, заключается в большом количестве констант / …

17 c++ 

Учитывая две разные реализации BLAS, можем ли мы ожидать, что они будут делать одни и те же вычисления с плавающей запятой и возвращать одинаковые результаты? Или может случиться, например, что скалярное произведение вычисляется как а один - как ( x 1 y 1 + x 2 y 2 ) + …

17 floating-point  blas 

Я студент машиностроения, интересующийся аэрокосмической техникой, где, как мне сказали, Фортран все еще широко используется. Какую версию Fortran я должен потратить на изучение своего времени?

17 fortran 

Я пишу небольшую библиотеку для разреженных матричных вычислений, чтобы научить себя наилучшим образом использовать объектно-ориентированное программирование. Я очень много работал над созданием хорошей объектной модели, в которой части (разреженные матрицы и графики, описывающие их структуру связности) очень слабо связаны. На мой взгляд, код гораздо более расширяемый и поддерживаемый для него. …

17 linear-algebra  sparse-matrix  oop 

Мне нужно записать некоторые данные из вычислений, которые позже будут прочитаны Paraview (файл .vtu или vtk). Когда дело доходит до размера файла, я должен перейти на формат ASCII или двоичный формат?

17 visualization  paraview  vtk 

Существует два основных подхода к представлению решений в методе прерывистого галеркина: узловой и модальный. Модальные : Решения представлены суммами модальных коэффициентов, умноженных на набор полиномов, например, где - это обычно ортогональные полиномы Например, Legendre. Одним из преимуществ этого является то, что ортогональные многочлены порождают матрицу диагональной массы.ϕ iu(x,t)=∑Ni=1ui(t)ϕi(x)u(x,t)=∑i=1Nui(t)ϕi(x)u(x,t) = \sum_{i=1}^N …

17 fluid-dynamics  discontinuous-galerkin 

Мне было просто любопытно, почему методы Рунге-Кутты высокого порядка (т.е. больше 4) почти никогда не обсуждаются / не используются (по крайней мере, насколько мне известно). Я понимаю, что это требует большего вычислительного времени на шаг (например, RK14 со встроенным шагом 12-го порядка ), но есть ли другие недостатки использования методов …

17 ode  runge-kutta 

Я ищу программное обеспечение для генерации сетки, которое является бесплатным и открытым исходным кодом, предоставляет разумный интерфейс сценариев для спецификации домена, работает для сложных геометрий, может генерировать 2D и 3D сетки, Какие варианты у меня есть?

17 mesh-generation 

Какой из них лучше: Фортран или Питон? И я думаю, что в обоих случаях вам нужен Gnuplot, я прав? Я сейчас работаю на машине с Windows. Я хотел бы использовать его для получения численных решений физических задач, включая моделирование по методу Монте-Карло, численное интегрирование и дифференцирование, молекулярную динамику и т. …

17 python  fortran 

Я запускал код молекулярной динамики (MD) GROMACS на кластере Ubuntu Linux, состоящем из узлов, содержащих 24 процессора Intel Xeon. Моя конкретная достопримечательность оказывается несколько чувствительной к арифметической точности с плавающей запятой, поэтому мне пришлось запускать GROMACS с двойной точностью, а не с одинарной точностью - несмотря на более высокую вычислительную …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

Меня интересуют случаи, когда градиент сопряжения работает намного лучше, чем метод GMRES. Вообще, CG является предпочтительным выбором во многих случаях SPD (симметрично-положительно определенного), потому что он требует меньшего объема памяти и теоретическая оценка скорости сходимости для CG вдвое больше, чем GMRES. Есть ли проблемы, когда такие показатели действительно наблюдаются? Есть …

17 linear-solver  conjugate-gradient  gmres 

Предположим, у меня есть некоторая функция ееf и я хочу найти ИксИксx такой, что е( х ) ≈ 0е(Икс)≈0f(x)\approx 0 . Я мог бы использовать метод Ньютона-Рафсона. Но для этого необходимо, чтобы я знал производную функцию е'( х )е'(Икс)f'(x) . Аналитическое выражение для ееf может быть недоступно. Например, ееf может …

17 reference-request  approximation