Вычислительная наука

Мне было интересно, существует ли быстрый и эффективный способ заранее определить количество ненулевых элементов для операции умножения разреженных матриц при условии, что обе матрицы находятся в формате CSC или CSR. Я знаю, что есть один в пакете smmp, но мне нужно что-то, что уже реализовано в C или C ++. …

17 matrix  sparse-matrix 

Большая часть моей собственной работы вращается вокруг того, чтобы алгоритмы масштабировались лучше, и один из предпочтительных способов показать параллельное масштабирование и / или параллельную эффективность - это построить производительность алгоритма / кода по количеству ядер, например где ось представляет количество ядер, а ось некоторую метрику, например, работу, выполненную за единицу …

17 parallel-computing  hpc  scaling  plotting 

На днях мой инструктор по вычислительной гидродинамике отсутствовал, и он послал своего кандидата в доктора наук, чтобы заменить его. В своей лекции он, казалось, указал на несколько недостатков, связанных с различными схемами дискретизации для моделирования потока жидкости: Метод конечных разностей: трудно удовлетворить сохранение и применить для неправильной геометрии Метод конечных …

17 fluid-dynamics 

Параллельное сокращение предполагает, что соответствующая операция является ассоциативной. Это предположение нарушается при добавлении чисел с плавающей запятой. Вы можете спросить, почему я забочусь об этом. Что ж, это делает результаты менее воспроизводимыми. И это ухудшается, когда моделируемый отжиг используется для оптимизации (или подгонки параметров) по подпрограммам, дающим такие невоспроизводимые результаты. …

17 parallel-computing  reproducibility 

У меня есть ограниченная невыпуклая 2-D функция, минимум которой я бы хотел найти. Функция довольно плавная. Оценка это дорого. Допустимая ошибка составляет около 3% от области функции в каждой оси. Я попытался запустить реализацию алгоритма DIRECT в библиотеке NLOPT, но он не дал значительного улучшения по сравнению с поиском методом …

17 optimization 

Когда вычисления с ограниченной пропускной способностью памяти выполняются в средах с общей памятью (например, с потоками через OpenMP, Pthreads или TBB), возникает дилемма, как обеспечить правильное распределение памяти по физической памяти, так что каждый поток в основном обращается к памяти в «местная» шина памяти. Хотя интерфейсы не являются переносимыми, большинство …

17 performance  memory-management  multicore 

Язык C ++ обеспечивает общее программирование и метапрограммирование с помощью шаблонов. Эти методы нашли свое применение во многих крупномасштабных научных вычислительных пакетах (например, MPQC , LAMMPS , CGAL , Trilinos ). Но что они на самом деле внесли в научное вычисление в значении, которое выходит за рамки неуниверсальных, неметаязыковых языков, …

17 performance  c++  programming-paradigms 

Я всегда вычисляю вещи вручную, но теперь мои товарищи становятся противными и делают много повторяющихся упражнений, в том числе просто вставляя вещи, как показано выше. Я особенно заинтересован в программном обеспечении с открытым исходным кодом, таком как Python или R, чтобы упростить эти виды уравнений. Я пытался использовать Wolfram Alpha …

17 education  symbolic-computation 

В литературе по численным методам многие исследовательские работы состоят из описания нового алгоритмического варианта, за которым следует несколько тестовых задач, сравнивающих новый метод с одним или двумя существующими методами. Это затрудняет определение Как новый метод будет работать на другие проблемы, представляющие интерес Как новый метод будет сравниваться с другими существующими …

17 pde  testing 

Я планирую использовать multigrid для вычисления некоторых собственных значений и векторов, и я заметил, что PETSc имеет высокоуровневую поддержку multigrid. Документация PETSc гласит, что эту часть PETSc не следует использовать, поскольку она скоро будет заменена. Какие другие библиотеки имеют высокоуровневую поддержку многосеток, и примерно как скоро PETSc выпустит новую многосеточную …

17 petsc  libraries  multigrid 

Рассмотрим IVP для системы ODE , . Чаще всего эта проблема считается жесткой, когда матрица Якоби имеет как собственные значения с очень большой отрицательной вещественной частью, так и собственные значения с очень маленькой отрицательной вещественной частью (я рассматриваю только стабильную кейс).y ( x 0 ) = y 0 ∂ fy′=f(x,y)y′=f(x,y)y'=f(x,y)y(x0)=y0y(x0)=y0y(x_0)=y_0∂f∂Y(x0,y0)∂е∂Y(Икс0,Y0)\frac{\partial …

17 ode  stiffness 

Моя диссертация посвящена разработке численных методов для моделирования снижения горения. Я использую свои методы исключительно в химической модели моделирования горения, и у меня есть много примеров для моделирования 0-D (без потока). Я хотел бы запустить симуляции, в которых есть потоки, предпочтительно 2-мерные или 3-мерные. Эти моделирования должны быть параллельными из-за …

17 pde  fluid-dynamics  software  parallel-computing 

Разработка научных алгоритмов - это очень итеративный процесс, часто включающий в себя изменение множества параметров, которые я хочу изменить либо как часть моего экспериментального проекта, либо как часть производительности алгоритма настройки. Какие стратегии я могу использовать для структурирования этих параметров, чтобы я мог легко менять их между итерациями и чтобы …

17 algorithms  testing  programming-paradigms 

Возвращаясь к заре OS X, казалось, было много шума, по крайней мере, в мире Mac (я в то время не был близок к научным вычислениям) о Mac OS как платформе для научных вычислений и приложений HPC. XGrid вышла из коробки, у Virginia Tech был свой модный компьютерный кластер на базе …

17 software  hpc 

Мой опыт в области геномики, но я недавно работал над проблемами, связанными со структурой белка. Я написал несколько соответствующих программ на C, создавая собственный анализатор PDB-файлов с самого начала. Я не беспокоился о создании действительно надежного синтаксического анализатора, я просто знал, что его создание будет лучшим способом заставить себя по-настоящему …

17 computational-biology  pdb  c