Я хотел бы выполнить специальный тест TukeyHSD после моей двусторонней Anova с R, получив таблицу, содержащую отсортированные пары, сгруппированные по значительным различиям. (Извините за формулировку, я все еще новичок со статистикой.)
Я хотел бы иметь что-то вроде этого:
Итак, сгруппированы по звездам или буквам.
Любая идея? Я протестировал функцию HSD.test()из agricolaeпакета, но, похоже, она не обрабатывает двусторонние таблицы.
Ответы:
agricolae::HSD.testФункция делает именно это, но вам нужно будет дать ему знать , что вы заинтересованы в перспективе взаимодействия . Вот пример с набором данных Stata:
library(foreign)
yield <- read.dta("http://www.stata-press.com/data/r12/yield.dta")
tx <- with(yield, interaction(fertilizer, irrigation))
amod <- aov(yield ~ tx, data=yield)
library(agricolae)
HSD.test(amod, "tx", group=TRUE)Это дает результаты, показанные ниже:
Groups, Treatments and means
a 2.1 51.17547
ab 4.1 50.7529
abc 3.1 47.36229
bcd 1.1 45.81229
cd 5.1 44.55313
de 4.0 41.81757
ef 2.0 38.79482
ef 1.0 36.91257
f 3.0 36.34383
f 5.0 35.69507 Они соответствуют тому, что мы получили бы с помощью следующих команд:
. webuse yield
. regress yield fertilizer##irrigation
. pwcompare fertilizer#irrigation, group mcompare(tukey)
-------------------------------------------------------
| Tukey
| Margin Std. Err. Groups
----------------------+--------------------------------
fertilizer#irrigation |
1 0 | 36.91257 1.116571 AB
1 1 | 45.81229 1.116571 CDE
2 0 | 38.79482 1.116571 AB
2 1 | 51.17547 1.116571 F
3 0 | 36.34383 1.116571 A
3 1 | 47.36229 1.116571 DEF
4 0 | 41.81757 1.116571 BC
4 1 | 50.7529 1.116571 EF
5 0 | 35.69507 1.116571 A
5 1 | 44.55313 1.116571 CD
-------------------------------------------------------
Note: Margins sharing a letter in the group label are
not significantly different at the 5% level.Пакет multcomp также предлагает символическую визуализацию («компактные буквенные дисплеи», см. « Алгоритмы компактного буквенного отображения: сравнение и оценка» для более подробной информации) значимых парных сравнений, хотя он не представляет их в табличном формате. Тем не менее, он имеет метод построения графиков, который позволяет удобно отображать результаты с помощью коробочных диаграмм. Порядок представления также может быть изменен (опция decreasing=), и он имеет гораздо больше возможностей для нескольких сравнений. Существует также пакет multcompView , который расширяет эти функции.
Вот тот же пример, проанализированный с помощью glht:
library(multcomp)
tuk <- glht(amod, linfct = mcp(tx = "Tukey"))
summary(tuk) # standard display
tuk.cld <- cld(tuk) # letter-based display
opar <- par(mai=c(1,1,1.5,1))
plot(tuk.cld)
par(opar)Обработка с использованием одной и той же буквы существенно не отличается на выбранном уровне (по умолчанию 5%).
Кстати, есть новый проект, в настоящее время размещенный на R-Forge, который выглядит многообещающе: factorplot . Он включает в себя линейные и буквенные дисплеи, а также обзор матрицы (через график уровня) всех парных сравнений. Рабочий документ можно найти здесь: factorplot: Улучшение представления простых контрастов в GLM
insert_absorb()которого пытается извлечь пару обработок. Возможно, вы можете попытаться изменить разделитель, который вы использовали для кодирования уровней вашего термина взаимодействия? Без рабочего примера трудно сказать, что случилось.
console=TRUEв HSD.test()для того , чтобы получить таблицы, в случае , если кто - то пытается это и не видит никакого результата. Вероятно, обновление agricolae.
Есть функция, которая называется TukeyHSD, согласно файлу справки, вычисляет набор доверительных интервалов на основе различий между средними уровнями фактора с заданной вероятностью охвата всей семьей. Интервалы основаны на статистике диапазона Studentized, методе «честного значительного различия» Тьюки. Делает ли это то, что вы хотите?
http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/stats/html/TukeyHSD.html