Есть два основных механизма:
- сальмонелла находится на скорлупе, и когда яйцо разбивается, внутренняя часть загрязняется; или
- репродуктивная система цыпленка загрязнена и откладывает яйцо с загрязненной внутренней частью.
Чтобы уменьшить очень распространенное (на несколько процентов) загрязнение скорлупы, яйца, продаваемые в коммерческих целях, обрабатывают свои скорлупы (как правило, моют). После промывки только около 50 на каждый миллион яиц по-прежнему будут иметь некоторую контаминацию Загрязнение скорлупы могло иметь место, когда курица откладывала яйцо, из фекалий или в результате обработки растений.
В некоторых редких случаях поверхностная сальмонелла может проникнуть внутрь, не разбивая яйцо: если оно было там, когда кутикула высохла, если яйцо хранится при комнатной температуре или если среда влажная.