Следующий сценарий стал наиболее часто задаваемыми вопросами в трио исследователя (I), рецензента / редактора (R, не связанного с CRAN) и меня (M) как создателя сюжета. Мы можем предположить, что (R) является типичным медицинским рецензентом большого босса, который знает только, что на каждом графике должна быть строка ошибок, в противном случае это неверно. Когда участвует статистический рецензент, проблемы гораздо менее критичны.
сценарий
В типичном перекрестном фармакологическом исследовании два препарата A и B тестируются на их влияние на уровень глюкозы. Каждый пациент проверяется дважды в случайном порядке и при условии отсутствия переноса. Первичной конечной точкой является разница между глюкозой (BA), и мы предполагаем, что парный t-тест является адекватным.
(I) хочет график, который показывает абсолютные уровни глюкозы в обоих случаях. Он боится (R) стремления к барам ошибок и просит стандартных ошибок в гистограммах. Давайте не будем начинать гистограмму войны здесь ._)
(I): Это не может быть правдой. Бары перекрываются, и мы имеем р = 0,03? Это не то, что я узнал в средней школе.
(M): у нас есть парный дизайн здесь. Запрашиваемые полосы ошибок совершенно не имеют значения, то есть SE / CI парных разностей, которые не показаны на графике. Если бы у меня был выбор и данных было не слишком много, я бы предпочел следующий график
Добавлено 1: Это параллельный координатный график, упомянутый в нескольких ответах
(M): Линии показывают спаривание, и большинство линий идет вверх, и это правильное впечатление, потому что имеет значение наклон (хорошо, это категорично, но тем не менее).
(I): Эта картина сбивает с толку. Никто не понимает это, и у него нет баров ошибок (R скрывается).
(M): Мы могли бы также добавить еще один график, который показывает соответствующий доверительный интервал разницы. Расстояние от нулевой линии создает впечатление величины эффекта.
(I): Никто не делает это
(R): И это тратит впустую драгоценные деревья
(М): (Как хороший немец): Да, точка на деревьях взята. Но я, тем не менее, использую это (и никогда не публикую это), когда у нас есть несколько обработок и несколько контрастов.
Какие-либо предложения ? R-код ниже, если вы хотите создать сюжет.
# Graphics for Crossover experiments
library(ggplot2)
library(plyr)
theme_set(theme_bw()+theme(panel.margin=grid::unit(0,"lines")))
n = 20
effect = 5
set.seed(4711)
glu0 = rnorm(n,120,30)
glu1 = glu0 + rnorm(n,effect,7)
dt = data.frame(patient = rep(paste0("P",10:(9+n))),
treatment = rep(c("A","B"), each=n),glucose = c(glu0,glu1))
dt1 = ddply(dt,.(treatment), function(x){
data.frame(glucose = mean(x$glucose), se = sqrt(var(x$glucose)/nrow(x)) )})
tt = t.test(glucose~treatment,paired=TRUE,data=dt,conf.int=TRUE)
dt2 = data.frame(diff = -tt$estimate,low=-tt$conf.int[2], up=-tt$conf.int[1])
p = paste("p =",signif(tt$p.value,2))
png(height=300,width=300)
ggplot(dt1, aes(x=treatment, y=glucose, fill=treatment))+
geom_bar(stat="identity")+
geom_errorbar(aes(ymin=glucose-se, ymax=glucose+se),size=1., width=0.3)+
geom_text(aes(1.5,150),label=p,size=6)
ggplot(dt,aes(x=treatment,y=glucose, group=patient))+ylim(0,190)+
geom_line()+geom_point(size=4.5)+
geom_text(aes(1.5,60),label=p,size=6)
ggplot(dt2,aes(x="",y=diff))+
geom_errorbar(aes(ymin=low,ymax=up),size=1.5,width=0.2)+
geom_text(aes(1,-0.8),label=p,size=6)+
ylab("95% CI of difference glucose B-A")+ ylim(-10,10)+
theme(panel.border=element_blank(), panel.grid.major.x=element_blank(),
panel.grid.major.y=element_line(size=1,colour="grey88"))
dev.off()
