Я пытаюсь указать формулу для линейной модели смешанного эффекта (с lme4
) для моего экспериментального дизайна, но я не уверен, что я делаю это правильно.
Дизайн: в основном я измеряю параметр отклика на растениях. У меня 4 уровня лечения и 2 уровня орошения. Растения сгруппированы в 16 участков, в пределах каждого участка я отбираю 4 участка. В каждом подзадаче я беру от 15 до 30 наблюдений (в зависимости от количества найденных растений). То есть всего 1500 строк.
Первоначально уровень подплота был здесь только для целей выборки, но я подумал, что хотел бы принять это во внимание в модели (как переменная 64-уровня), потому что я видел, что существует большой разброс от одного подзаговора к другому даже внутри одного графика (больше, чем изменчивость между целыми графиками).
Моей первой идеей было написать:
library(lme4)
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot/plot), data=mydata)
или же
fit <- lmer(y ~ treatment*irrigation + (1|subplot) + (1|plot), data=mydata)
Это верно? Я не уверен, должен ли я сохранить оба уровня заговора / подзаговора в моей формуле. Нет фиксированного эффекта, но случайные эффекты очень значительны.