Единственное, что вам нужно сделать, это заблокировать URL:
facebook.com/ajax/mercury/change_read_status.php
Для Chrome используйте расширение «FB unseen», которое блокирует URL (полное раскрытие: я написал это расширение). Если вы хотите, немного поработав, вы можете использовать практически любой блокировщик рекламы для достижения этого. Но с «FB unseen» вы можете «Пометить как прочитанное» как хотите, чтобы вы могли сами решить, когда установлен флаг «Seen».
Недостатком этого расширения является то, что все ваши сообщения также будут помечены как непрочитанные для вас, а уведомление о «непрочитанных сообщениях» останется видимым, пока вы не ответите (или явно пометите его как прочитанное).
Еще один недостаток: есть реклама (которую можно отключить).
Обновление: Facebook попросил меня отключить расширение, поскольку оно нарушает Условия предоставления услуг. Поскольку он был разработан с открытым исходным кодом, а исходный код доступен на GitHub, я обновил ссылку, чтобы указать на страницу GitHub. Чтобы больше не рисковать проблемами с Facebook, я не буду давать инструкции о том, как устанавливать расширения вручную, а также не буду продолжать его разработку. Расширение ранее было доступно по адресу https://chrome.google.com/webstore/detail/ihcedcpmfdpjijiamkaeaefgfagnnpei , вы можете найти несколько альтернатив в магазине, выполнив их поиск (до тех пор, пока они не получат достаточное количество пользователей и также не будут сняты).