Ответы:
Да, это возможно, \&
может использоваться в выражении замены для представления всего совпадения, аналогично \#&
может использоваться для представления всего совпадения в виде числа.
Более конкретно:
Mx query-replace-regexp \b[0-9]+\b
RETURN\,(+ 3 \#&)
И цитата из документации
Вы можете использовать выражения Lisp для вычисления частей замещающей строки. Для этого напишите '\,', а затем выражение в строке замены. Каждая замена вычисляет значение выражения и преобразует его в текст без кавычек.