Вы можете использовать avidemux .
Установить
sudo apt-get install avidemux
Процедура:
1. Запустите avidemux.
2. Откройте файл .avi.
3.Выберите видеокодер из выпадающего меню на левой панели, где написано «Видео».
4.Настройте кодировщик, нажав кнопку «Настроить».
5. Добавьте фильтр субтитров. Сначала нажмите кнопку «Фильтры» на левой панели (под Видео).
7. Чтобы завершить процесс, нажмите Сохранить и введите имя для выходного файла.
Подробнее Вы можете использовать VLC
Создайте новую папку и сохраните файл фильма внутри этой папки.
поместите файл субтитров в созданную вами папку.
Переименуйте субтитр с названием фильма и используйте расширение .srt в конце
Читать дальше