Какой тест для сравнения состава сообщества?


10

Надеюсь, что этот вопрос новичка является правильным вопросом для этого сайта:

Предположим, я хотел бы сравнить состав экологических сообществ на двух участках A, B. Я знаю, что на всех трех участках есть собаки, кошки, коровы и птицы, поэтому я проверяю их численность на каждом участке (на самом деле у меня нет " ожидаемая «численность для каждого животного на каждом участке).

Если я посчитаю, скажем, по пять на каждого животного на каждом участке, то А и В очень «похожи» (на самом деле они «одинаковы»).

Но если я найду 100 собак, 5 кошек, 2 коровы и 3 птицы на площадке A. 5 собак, 3 кошки, 75 коров и 2 птицы на площадке B. Тогда я бы сказал, что площадки A и B "отличаются" хотя они имеют одинаковый видовой состав.

(Я читал об индексах Соренсена и Брей-Кертиса, но похоже, что они учитывают только отсутствие / присутствие собак, кошек и т. Д., А не их численность.)

Существует ли статистический тест для определения этого?


2
Несоответствие Брей-Кертиса может сделать работу ... Большим ресурсом является книга «Численная экология» от Legendre & Legendre (1998).
EDi

Все ответы до сих пор были очень полезны, и я действительно ценю все предоставленные вами справочные материалы. Хотел бы я отметить более одного ответа! Спасибо всем за помощь.
hpy

Ответы:


4

Я согласен с тем, что было упомянуто, что Брей-Кертис может справиться с обилием, а также с наличием / отсутствием, а также добавить еще одну хорошую книгу к миксу: Анализ экологических сообществ МакКьюна и Грейс.

При сравнении экологических сообществ необходимо учитывать множество факторов, и я не думаю, что есть какой-то один тест, который справится с этой задачей. Пригодность теста во многом будет зависеть от типа вопроса, который вы задаете о сообществах и природе вашего набора данных. Общие подходы включают в себя методы ординации, которые размещают сайты в многомерном пространстве таксонов. Однако, если у вас действительно есть только 2 сайта, это вряд ли сработает. Тесты Мантеля коррелируют матрицу расстояний, основанную на композиции (например, попарно расстояние Брей-Кертиса по всем участкам) с матрицей расстояний, основанной на других потенциальных факторах влияния. Простейшим случаем может быть просто евклидово расстояние между местами в пространстве. Кластерный анализ группирует сайты по составу сообщества.

В целом, я бы использовал подход подмножества множества статистических инструментов, описанных в любой из вышеперечисленных книг, для предоставления статистического описания различий между рассматриваемыми сообществами. Не существует единого показателя различий в составе сообщества, поэтому статистика используется для синтеза многомерных данных в более легко интерпретируемую форму.

РЕДАКТИРОВАТЬ: Я также только что подумал об этой статье, в которой довольно четко и подробно изложены многие из различных вариантов.

Андерсон, MJ и соавт. 2011. Навигация по множеству значений бета-разнообразия: дорожная карта для практикующего эколога. Письма Экологии 14: 19-28


3

Если вы хотите проверить эту гипотезу, вы можете использовать Анализ сходства (на основе Брея Кертиса или других доступных), есть процедура под названием ANOSIM, которая реализована в программном обеспечении PRIMER. Вы можете сделать Односторонний, Вложенный или Двусторонний анализ. Другой (лучший) вариант - запустить множественный перестановочный анализ отклонений. Хорошая процедура доступна в подпрограмме PERMANOVA (доступна по адресу http://www.stat.auckland.ac.nz/~mja/Programs.htm ). пройти тест на наличие значимых различий между участками, чтобы узнать, какие виды отвечают за наблюдаемые различия (процедура IndVal или процедура SIMPER). Надеюсь, поможет


2

Поскольку вы упоминаете индекс Соренсена, кажется, вам нужен показатель различий, а не тест различий. (Оценка даст числовое значение, показывающее, насколько они различны. Тест покажет вам, является ли разница значимой с заданной вероятностью.)

Вы можете представить численность видов в каждом месте с помощью гистограммы. Эта гистограмма может быть нормализована, если вы просто заботитесь об относительной численности (например, у кошек в два раза больше, чем у собак), или ненормализована, если вы также заботитесь об абсолютных числах.

Существует много способов измерения различий гистограмм. Некоторые из популярных:

  • Статистика хи-квадрат
  • Расстояние L2
  • Расстояние пересечения гистограммы

2

Брей-Кертис и другие подобные индексы включают различия в численности видов. В дополнение к Лежандру и Лежандру я бы также порекомендовал книгу Чарльза Кребса «Экологическая метология» (1999).

Используя наш сайт, вы подтверждаете, что прочитали и поняли нашу Политику в отношении файлов cookie и Политику конфиденциальности.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.