Очень хорошая статья, объясняющая общий подход LMM и их преимущество перед ANOVA:
Линейные модели смешанных эффектов (LMM) обобщают регрессионные модели, чтобы иметь остаточные компоненты, случайные эффекты, на уровне, например, людей или предметов, а не только на уровне отдельных наблюдений. Модели очень гибкие, например, позволяют моделировать различные наклоны и точки пересечения.
LMM работают с использованием некоторой функции правдоподобия, вероятности того, что вашим данным задан какой-то параметр, и метода для максимизации этого (Максимальная оценка правдоподобия; MLE) путем работы с параметрами. MLE - это очень общий метод, позволяющий приспосабливать множество данных к различным моделям, например, для двоичных данных и данных подсчета, и объясняется в нескольких местах, например:
- Агрести А. (2007). Введение в категориальный анализ данных (2-е издание) . Джон Вили и сыновья.
LMM, однако, не могут иметь дело с негауссовыми данными, такими как двоичные данные или счетчики; для этого вам нужны обобщенные линейные модели со смешанными эффектами (GLMM). Один из способов понять это - сначала изучить GLM; также см. Agresti (2007).