Настройка Sweave, R, Latex, Eclipse StatET [закрыто]

Несколько дней назад я увидел сообщение о том, как настроить SweaveR, который позволил бы пользователю напрямую экспортировать такие вещи, как таблицы, графики и т. Д. В латекс. Я не мог следовать указаниям.

Кто-нибудь может дать пошаговые инструкции о том, как это сделать на Mac и Windows?

Я использую Eclipse / StatEt для создания документов с Sweave и LaTex, и нахожу Eclipse идеальным в качестве среды редактирования. Я могу порекомендовать следующие руководства:

• Руководство Лонгхау Лэма в формате pdf
• Сообщение Jeromy Anglim (обратите внимание, что в него включена информация об установке пакета RJ, необходимого для последних версий StatEt.)

Я также использую MikTex для Windows и нахожу, что все работает очень хорошо после его установки. Также есть несколько хороших вопросов и ответов о переполнении стека .

Для меня я обнаружил, что Eclipse был излишним для создания научных работ. Итак, для Windows я сделал следующее: установил Miktex 2.8 (не уверен в версии). Убедитесь, что вы устанавливаете Miktex в каталог, такой как C: \ Miktex, поскольку Latex ненавидит пути к файлам с пробелами в них. Обязательно выберите вариант установки пакетов на лету.

Также убедитесь, что R установлен где-нибудь, чтобы Latex мог его найти, т.е. в пути без пробелов. Я установил TechNix центр в качестве своей программы для записи документов, но есть много других, таких как WinEdt, eclipse, texmaker или даже Emacs. Теперь убедитесь, что в преамбуле у вас есть \ usepackage {Sweave} и usepackage {graphicx}. Как я уверен, вы знаете, вам нужно поставить <> = в начале вашего R-блока и завершить его символом @. Вам понадобится либо пакет xtable, либо Hmisc, чтобы преобразовать R-объекты в латексный формат.

Мне нравится xtable, но вам, вероятно, понадобится немного манипулировать объектами, чтобы привести его в форму, которую примет xtable (выходные данные lm, фреймы данных, матрицы). При вставке таблицы обязательно добавьте опцию results = tex в преамбулу для фрагмента кода, а если вам нужна цифра, убедитесь, что опция fig = TRUE также присутствует. Вы также можете генерировать только одну фигуру на кусок, так что просто имейте это в виду. Что-то, с чем нужно быть очень осторожным, это то, что код R находится в крайнем левом углу страницы, как если бы он был заключен в окружение, тогда он будет игнорироваться (мне потребовалось много времени, чтобы разобраться).

Вам нужно сохранить файл как .Rnw - убедитесь, что любая используемая вами программа tex не добавляет .tex после этого, так как это вызовет проблемы.

Затем либо запустите R CMD Sweave foo.Rnw из командной строки, либо из R запустите Sweave ("foo.Rnw"). В какой-то момент он неизбежно потерпит неудачу (особенно, если вы этого раньше не сделали), поэтому просто отладьте файл .Rnw, промойте и повторите.

Если вы делаете это в первый раз, может оказаться проще закодировать все анализы R изнутри r, а затем использовать операторы print для вставки их в LaTex. Я бы не рекомендовал это как хорошую идею, так как если вы обнаружите, что ваш файл данных содержит ошибки в конце этой процедуры (как я это делал в прошлые выходные), то вам нужно будет перезапустить все ваши анализы, которые, если вы могли бы правильно изнутри латекса с самого начала можно избежать.

Кроме того, вычисления Sweave могут занять некоторое время, поэтому вы можете использовать R-пакет cacheSweave для сохранения повторных анализов. Видимо, выделение пакета R позволяет цветовое кодирование кода R в документах, но я этим не пользовался.

Я никогда не использовал латекс или R на Mac, поэтому я оставлю это объяснение кому-то еще. Надеюсь это поможет.

RStudio (rstudio.org) упрощает работу, если в вашей системе уже установлен LaTeX. Есть кнопка PDF, которая запускает код через Sweave, затем запускает его через pdflatex и запускает просмотрщик PDF.

Я установил этот пакет совсем недавно и следовал инструкциям, приведенным здесь .

Есть ссылки на все необходимые компоненты программного обеспечения. Я использую MiKTex для всех компонентов LaTex.

Есть несколько подводных камней, если вы планируете использовать 64-битные окна, так как вам потребуется дополнительная 64-битная среда выполнения Java. Это довольно легко преодолеть, если вы зайдете на java.com в 64-битном IE и проверите свою установку, он укажет вам на 64-битный установщик, который в противном случае найти сложно.

Чтобы избежать возни с переменными пути, я просто извлек папку eclipse в C: \ Program Files, так как именно здесь живет Java и 64-битный R. Отсюда параметры конфигурации в eclipse могут легко запускаться автоматически и находить подходящие параметры.

Надеюсь, это поможет.