Статистический тест для положительной и отрицательной прогностической ценности

Я читал газету и увидел таблицу со сравнением между PPV (положительная прогностическая ценность) и NPV (отрицательная прогностическая ценность). Они сделали какой-то статистический тест для них, это эскиз таблицы:

PPV    NPV    p-value
65.9   100    < 0.00001
...

Каждая строка относится к конкретной таблице непредвиденных обстоятельств.

Какой тип проверки гипотезы они сделали? Благодарность!

epidemiology contingency-tables p-value

— Симона
источник

Предполагая перекрестную классификацию, подобную показанной ниже (здесь, для инструмента скрининга)

альтернативный текст

мы можем определить четыре показателя точности скрининга и прогнозирующей силы:

Чувствительность (se), a / (a + c), т. Е. Вероятность того, что скрининг обеспечит положительный результат при наличии заболевания;
Специфичность (sp), d / (b + d), т. Е. Вероятность того, что скрининг даст отрицательный результат, если болезнь отсутствует;
Положительная прогностическая ценность (PPV), a / (a + b), т. Е. Вероятность пациентов с положительными результатами теста, которые правильно поставили диагноз (как положительный);
Отрицательное прогностическое значение (NPV), d / (c + d), то есть вероятность пациентов с отрицательными результатами теста, которые правильно диагностированы (как отрицательные).

Каждые четыре показателя представляют собой простые пропорции, рассчитанные по наблюдаемым данным. Таким образом, подходящим статистическим тестом будет биномиальный (точный) тест , который должен быть доступен в большинстве статистических пакетов или во многих онлайн-калькуляторах. Проверенная гипотеза состоит в том, значительно ли отличаются наблюдаемые пропорции от 0,5 или нет. Однако я обнаружил, что более интересно предоставить доверительные интервалы, а не один критерий значимости, поскольку он дает информацию о точности измерения. В любом случае, для воспроизведения результатов, которые вы показали, вам нужно знать общие поля вашей двусторонней таблицы (вы указали только PPV и NPV в виде%).

В качестве примера предположим, что мы наблюдаем следующие данные (вопросник CAGE является проверочной анкетой на алкоголь):

альтернативный текст

тогда в R PPV будет рассчитываться следующим образом:

> binom.test(99, 142)

    Exact binomial test

data:  99 and 142 
number of successes = 99, number of trials = 142, p-value = 2.958e-06
alternative hypothesis: true probability of success is not equal to 0.5 
95 percent confidence interval:
 0.6145213 0.7714116 
sample estimates:
probability of success 
             0.6971831

Если вы используете SAS, вы можете взглянуть на примечание об использовании 24170: как я могу оценить чувствительность, специфичность, положительные и отрицательные прогностические значения, ложноположительные и отрицательные вероятности и отношения правдоподобия? ,

Для вычисления доверительных интервалов используется гауссовское приближение, (1.96 - квантиль стандартного нормального распределения при или с %), используется на практике, особенно когда пропорции довольно малы или велики (что часто имеет место здесь). $p \pm 1.96 \times \sqrt{p(1-p)/n}$ $p=0.975$ $1-\alpha/2$ $\alpha=5$

Для дальнейшего ознакомления, вы можете посмотреть на

Newcombe, RG. Двусторонние доверительные интервалы для одной пропорции: сравнение семи методов . Статистика в медицине , 17, 857-872 (1998).

— хл
источник

Благодарю. Хорошо, я прочитал в самом начале статьи, что они использовали критерий хи-квадрат для всех категориальных переменных. Написанная классификационная таблица не относится к переменной, в частности, она является результатом задачи классификации. Это не очень понятно! Теперь я предполагаю, что они сделали классический тест на пропорции .. может быть, хи-квадрат ..

— Симона

Я снова посмотрел на этот вопрос и увидел, что значение p не относится ни к PPV, ни к NPV, оно относится ко всей строке. Я думаю, что тест, который они прошли, должен быть связан со всей таблицей непредвиденных обстоятельств.

— Симона

@Simone Итак, если я правильно вас понимаю, вы предлагаете авторам предоставить значения PPV и NPV, но дали значение p, соответствующее тесту глобальной ассоциации таблицы 2x2? Это связано с этим недавним вопросом, stats.stackexchange.com/questions/9464/… ?

— chl

Да, это было бы связано с этим вопросом, если бы значение p было связано либо с PPV, либо с NPV. И в этом случае вы дали решение. Тест соответствует всей таблице 2х2, я никогда не узнаю, что это за тест!

— Симона

Посмотри пожалуйста

Косинский, Анджей С. Взвешенная обобщенная статистика баллов для сравнения прогностических значений диагностических тестов. Статистика в области медицины http://dx.doi.org/10.1002/sim.5587, опубликованная онлайн: 22 августа 2012 г.

— Анджей Косински
источник