Scatterplot с контурным / тепловым наложением

23

Я видел этот график в дополнении к недавней статье, и я хотел бы иметь возможность воспроизвести его, используя R. Это точечная диаграмма, но для устранения переплёта есть контурные линии, которые окрашены в «цвет» от синего до красного, что соответствует плотность перелетов. Как бы я это сделал?

введите описание изображения здесь

r data-visualization scatterplot

— Стивен Тернер
источник

5

В этом вопросе StackOverflow показана пара опций ggplot2 для этого типа графика, включая график рассеяния + точки.

— Джоран

30

Вот мое мнение, использующее базовые функции только для рисования:

library(MASS)  # in case it is not already loaded 
set.seed(101)
n <- 1000
X <- mvrnorm(n, mu=c(.5,2.5), Sigma=matrix(c(1,.6,.6,1), ncol=2))

## some pretty colors
library(RColorBrewer)
k <- 11
my.cols <- rev(brewer.pal(k, "RdYlBu"))

## compute 2D kernel density, see MASS book, pp. 130-131
z <- kde2d(X[,1], X[,2], n=50)

plot(X, xlab="X label", ylab="Y label", pch=19, cex=.4)
contour(z, drawlabels=FALSE, nlevels=k, col=my.cols, add=TRUE)
abline(h=mean(X[,2]), v=mean(X[,1]), lwd=2)
legend("topleft", paste("R=", round(cor(X)[1,2],2)), bty="n")

введите описание изображения здесь

Для более необычного рендеринга вы можете взглянуть на ggplot2 и stat_density2d(). Еще одна функция, которая мне нравится smoothScatter():

smoothScatter(X, nrpoints=.3*n, colramp=colorRampPalette(my.cols), pch=19, cex=.8)

введите описание изображения здесь

— хл
источник

2

Было бы неплохо, если бы можно было контролировать контурный график, чтобы включить указанные квантили / процентили / децили (или что у вас).

— Роман Луштрик

Удивительно, я долго искал что-то подобное, сюжет хорошего качества

— WAF

26

Никто не предложил ggplot2 для этого ??

library(MASS)
library(ggplot2)
n <- 1000
x <- mvrnorm(n, mu=c(.5,2.5), Sigma=matrix(c(1,.6,.6,1), ncol=2))
df = data.frame(x); colnames(df) = c("x","y")

commonTheme = list(labs(color="Density",fill="Density",
                        x="RNA-seq Expression",
                        y="Microarray Expression"),
                   theme_bw(),
                   theme(legend.position=c(0,1),
                         legend.justification=c(0,1)))

ggplot(data=df,aes(x,y)) + 
  geom_density2d(aes(colour=..level..)) + 
  scale_colour_gradient(low="green",high="red") + 
  geom_point() + commonTheme

Который производит следующее:

Тем не менее, другие вещи могут быть выполнены довольно легко, например, следующие:

ggplot(data=df,aes(x,y)) + 
  stat_density2d(aes(fill=..level..,alpha=..level..),geom='polygon',colour='black') + 
  scale_fill_continuous(low="green",high="red") +
  geom_smooth(method=lm,linetype=2,colour="red",se=F) + 
  guides(alpha="none") +
  geom_point() + commonTheme

Который производит следующее:

— АДФ
источник