Как отмечалось в комментариях, проблема заключалась в том, что все различия были 2 (или -2, в зависимости от того, как вы пишете пары).
Отвечая на вопрос в комментариях:
Таким образом, это означает, что с точки зрения статистики, нет необходимости в необычном тесте t.test и уверенности в том, что для каждого субъекта будет снижение -2 на fu по сравнению с bl?
Ну, это зависит.
Если распределение различий действительно было нормальным, это был бы вывод, но, возможно, допущение о нормальности неверно, а распределение различий в измерениях на самом деле дискретно (возможно, в популяции, которую вы хотите сделать вывод, обычно это -2 но иногда отличается от -2).
Фактически, видя, что все числа являются целыми числами, кажется, что дискретность, вероятно, имеет место.
... в этом случае нет такой уверенности в том, что в популяции все различия будут равны -2, а в том, что в выборке различие в популяции означает, что разница отличается от -2.
(Например, если бы 87% различий в популяции составляли -2, есть только вероятность 50-50, что любая из 5 разниц в выборке будет отличаться от -2. Таким образом, выборка вполне согласуется с тем, что отклонения от -2 в популяции)
Но вас также могут поставить под сомнение пригодность предположений для t-теста - особенно в такой небольшой выборке.
bl-fu
. Теперьsd(bl-fu)
. Если это не очевидно, все же сделайте это:dif=bl-fu
тогдаn=length(dif)
тогдаmean(dif)/(sd(dif)/sqrt(n))
... вы видите сейчас?