функции Windows не будут работать, если учетная запись Microsoft не используется?
Никто. Вы теряете только функции различного программного обеспечения, и 99% этого - удобства, которые никто не упустит. Вы полностью теряете «Магазин», и приложениям, таким как «Погода», необходимо настроить местоположение (они не могут просто извлечь эти данные из вашей учетной записи).
Есть ли у них проблемы с использованием учетной записи Microsoft в домене?
Ничего конкретного для домена или безопасности.
В любом случае, мы отключаем «Хранилище и вход в систему с учетными записями MS», чтобы люди ни на что не вмешивались:
Computer Configuration\Policies\Windows Settings\Security Settings\Local Policies\Security Options\Accounts: Block Microsoft accounts
Computer Configuration\Policies\Administrative Templates\Windows Components\Store\Turn off the Store application
Если вы отключите Магазин, но не удалите все приложения, вы, вероятно, захотите установить обновления для этих приложений (я не знаю о каких-либо недавних проблемах безопасности, но это программное обеспечение Microsoft). Microsoft предоставляет полный список встроенных обновлений приложений, которые можно импортировать в сервер WSUS (или вы можете извлечь установщик MSI из файла CAB-файла и развернуть его по своему усмотрению).