Установщик Windows может порождать несколько экземпляров msiexec.exe по нескольким причинам.
Прежде всего, установщик Windows имеет последовательность пользовательского интерфейса (которую можно пропустить, запустив установку без вывода сообщений) и последовательность установки . Две таблицы для этих последовательностей называются InstallUISequence и InstallExecuteSequence соответственно. Благодаря тому, что установщик Windows допускает « повышенные права » во время установки, InstallExecuteSequence будет работать как системная учетная запись. Другими словами, если вы запустите установку в режиме графического интерфейса и начнете установку таким образом, вы обычно увидите два процесса msiexec.exe.
Кроме того, файлы MSI могут запускать пользовательские действия, некоторые из которых могут порождать новые процессы (файлы EXE). Эти действия могут вызвать дальнейшие процессы msiexec.exe для отображения в диспетчере задач.
У Аарона Стебнера есть лучшее объяснение здесь: http://blogs.msdn.com/astebner/archive/2005/03/02/384088.aspx
Еще одна ссылка: https://www.symantec.com/connect/blogs/multiple-msiexec-processes-running-during-installation