Конечно, это не сломает AD. AD очень масштабируем, и хотя есть способы его испортить, простое хранение больших объемов данных в нем не повлияет. Многие организации хранят фотографии вместе с другими крупными элементами данных, такими как ключи шифрования в AD.
Что произойдет, так это то, что трафик репликации значительно увеличится (много при первоначальном добавлении фотографий и немного при добавлении фотографии каждого пользователя при приеме на работу новых людей), поскольку все новые фотографии, добавленные в AD, должны будут реплицироваться. Кроме того, размер вашей базы данных AD увеличится. Это вряд ли будет иметь значение для любого разумно подготовленного сервера для организации с 3000. Максимальный размер хранимой фотографии составляет 1 МБ, и, учитывая, что она должна быть миниатюрой, фактический размер должен быть значительно меньше этого. В вашей организации это (ну) менее 3 ГБ данных.
Тем не менее, если вы запускаете свои контроллеры домена на минимальном количестве дисков, вы должны убедиться, что для данных будет достаточно места (но если бы диск был подготовлен так, чтобы у вас были проблемы, у вас также были бы проблемы с обновлением окон).