Чтобы поговорить с каждой из ваших проблем:
В течение нескольких лет я развертывал выпуски среды выполнения Java в качестве назначений для установки программного обеспечения из групповой политики. Я отключаю функцию обновления как преобразование в MSI и развертываю обновления по мере необходимости через обязательные обновления. Если на компьютерах требуется поддерживать более старую версию JRE (поскольку это требуется для некоторых приложений), я использую группы безопасности, чтобы машины не получали более новые обновления. (К счастью, мне не приходилось делать это часто.)
Я создаю преобразования для MSI от Sun, используя инструмент Orca от Microsoft. Возможно, было бы неплохо иметь такой инструмент, как Adobe «Мастер настройки», но я могу делать все, что мне нужно, с Orca.
У меня не было случая, чтобы пользователи «вручную настраивали определенные параметры», но я бы справился с этим одним из двух способов. Если некоторые пользователи нуждаются в настройках, отличающихся от «нормальных», я бы либо развернул «предпочтение» групповой политики, чтобы установить этот параметр (при условии, что он находится в пользовательской части реестра), либо административный шаблон. изменить настройку (при условии, что она находится в компьютерной части реестра). Если требуется, чтобы пользователю было разрешено изменять настройки по требованию, я бы неохотно изменил разрешения в реестре, чтобы позволить пользователю (на самом деле, группе безопасности, содержащей этого пользователя) сделать это. Неохотно.
Если приложению требуется собственный JRE, я бы связал установку этого JRE со сценарием / объектом групповой политики, который развертывает приложение, и рассматривал бы их как единое целое. Это самый простой способ справиться с этим.
Мне трудно вспомнить, какие настройки находятся в разделе «Программные файлы», но я бы неохотно предоставил разрешение группе безопасности, содержащей учетные записи пользователей, которым необходимо изменить эти настройки, если это потребуется. Возможно, я бы тоже держал голову в руках и проклинал Солнца.
До тех пор, пока Sun не соберет свои силы в отношении развертывания JRE на предприятии и управления JRE, я думаю, что у всех нас будут хитрые обходные пути для решения этой проблемы. Это расстраивает, но, к сожалению, типично. Кажется, что подавляющее большинство разработчиков не имеют понятия о том, каково это - выполнять работу системного администратора. <Вздох>