Если вы хотите что-то с открытым исходным кодом, вы, вероятно, захотите попробовать CBC-код COIN (у них также есть пара других решателей MILP, таких как платформа с разветвлением и ценой или SYMPHONY).
Gurobi и CPLEX будут значительно быстрее, и на совещании INFORMS 2011 или 2012 года Gurobi был быстрее CPLEX (хотя показатели производительности, конечно, зависят от проблем). На MILP, решенных в моей диссертации, Gurobi был примерно в 15-100 раз быстрее, чем CBC, а CPLEX был почти так же быстро, как Gurobi, но немного медленнее (например, в 12-80 раз быстрее).
Хотя производительность в худшем случае действительно экспоненциальная, время выполнения будет сильно зависеть от структуры проблемы. Маловероятно, что вы сможете решить MILP с миллионами переменных, если не будете использовать специальную структуру (возможно, если это стохастическая программа, которая может быть разложена на множество гораздо более мелких задач), но вполне возможно решить нетривиальные MILP с тысячами переменные менее чем за минуту. (Конечно, эти проблемы также могут занять час или больше.)
Как отмечает Брайан Борчерс, у CPLEX и Gurobi есть бесплатные лицензии, доступные для некоторых исследователей, и один из этих двух пакетов программного обеспечения будет действительно лучшим для использования в качестве универсального решателя MILP.