Ошибка: не удалось найти функцию… в R

Это вопрос к часто задаваемым вопросам, поэтому, пожалуйста, будьте как можно полнее. Ответ - это ответ сообщества, поэтому не стесняйтесь редактировать, если считаете, что чего-то не хватает.

Этот вопрос обсуждался и утверждался по мета.

Я использую R и попытался, some.functionно я получил следующее сообщение об ошибке:

Error: could not find function "some.function"

Этот вопрос поднимается очень регулярно. Когда вы получаете этот тип ошибки в R, как вы можете ее решить?

Есть несколько вещей, которые вы должны проверить:

1. Вы правильно написали название своей функции? Имена чувствительны к регистру.
2. Вы установили пакет, содержащий функцию? install.packages("thePackage")(это нужно сделать только один раз)
3. Вы прикрепили этот пакет к рабочей области? require(thePackage)или library(thePackage)(это следует делать каждый раз, когда вы начинаете новый сеанс R)
4. Вы используете более старую версию R, где эта функция еще не существовала?

Если вы не уверены, в каком пакете находится эта функция, вы можете сделать несколько вещей.

1. Если вы уверены, что установили и подключили / загрузили нужный пакет, введите help.search("some.function")или ??some.functionполучите информационное окно, в котором можно указать, в каком пакете он содержится.
2. findи getAnywhereтакже может быть использован для поиска функций.
3. Если вы не имеете ни малейшего представления о пакете, вы можете использовать findFnв sosпакете , как описано в этом ответе .
4. RSiteSearch("some.function")или поиск с помощью rdocumentation или rseek - это альтернативные способы поиска функции.

Иногда вам нужно использовать более старую версию R, но запускать код, созданный для более новой версии. Недавно добавленные функции (например, hasName в R 3.4.0) не будут найдены. Если вы используете более старую версию R и хотите использовать более новую функцию, вы можете использовать обратные порты пакета, чтобы сделать такие функции доступными. Вы также найдете список функций, которые необходимо перенести в репозиторий git . Имейте в виду, что версии R старше R3.0.0 несовместимы с пакетами, созданными для R3.0.0 и более поздних версий.

Другая проблема в присутствии NAMESPACE заключается в том, что вы пытаетесь запустить неэкспортированную функцию из пакета foo .

Например (надуманный, я знаю, но):

> mod <- prcomp(USArrests, scale = TRUE)
> plot.prcomp(mod)
Error: could not find function "plot.prcomp"

Во-первых, вы не должны вызывать методы S3 напрямую, но давайте предположим, что это plot.prcompбыла действительно полезная внутренняя функция в пакете foo . Для вызова такой функции, если вы знаете, что делаете, требуется использование :::. Вам также необходимо знать пространство имен, в котором находится функция. Используя, getAnywhere()мы находим, что функция находится в статистике пакета :

> getAnywhere(plot.prcomp)
A single object matching ‘plot.prcomp’ was found
It was found in the following places
  registered S3 method for plot from namespace stats
  namespace:stats
with value

function (x, main = deparse(substitute(x)), ...) 
screeplot.default(x, main = main, ...)
<environment: namespace:stats>

Теперь мы можем вызвать его напрямую, используя:

> stats:::plot.prcomp(mod)

Я использовал plot.prcompтолько в качестве примера, чтобы проиллюстрировать цель. При обычном использовании вы не должны вызывать такие методы S3. Но, как я уже сказал, если функция, которую вы хотите вызвать, существует (например, это может быть скрытая служебная функция), но находится вnamespace , R сообщит, что не может найти функцию, если вы не укажете ей, в каком пространстве имен искать. ,

Сравните это со следующим: stats::plot.prcomp вышеописанное не помогает, потому что, хотя оно statsиспользуется plot.prcomp, оно не экспортируется, statsкак правильно говорит нам ошибка:

Ошибка: «plot.prcomp» не является экспортируемым объектом из «пространства имен: статистика»

Это задокументировано следующим образом:

pkg :: name возвращает значение экспортированного имени переменной в пространстве имен pkg, тогда как pkg ::: name возвращает значение имени внутренней переменной.

Обычно я могу решить эту проблему, когда компьютер находится под моим контролем, но это больше неприятно при работе с сеткой. Когда сетка неоднородна, не все библиотеки могут быть установлены, и мой опыт часто заключался в том, что пакет не был установлен, потому что не была установлена ​​зависимость. Для решения этой проблемы я проверяю следующее:

1. Фортран установлен? (Ищите «gfortran».) Это влияет на несколько основных пакетов в R.
2. Java установлена? Верны ли пути классов Java?
3. Убедитесь, что пакет был установлен администратором и доступен для использования соответствующим пользователем. Иногда пользователи устанавливают пакеты в неправильных местах или запускают без соответствующего доступа к нужным библиотекам. .libPaths()это хорошая проверка.
4. Проверьте ldd результаты на R, чтобы быть уверенным в общих библиотеках
5. Хорошо периодически запускать скрипт, который просто загружает каждый необходимый пакет и проводит небольшой тест. Это ловит проблему пакета как можно раньше в рабочем процессе. Это похоже на тестирование сборки или модульное тестирование, за исключением того, что это больше похоже на тест на дым, чтобы убедиться, что самые простые вещи работают.
6. Если пакеты можно хранить в доступном для сети месте, не так ли? Если они не могут, есть ли способ обеспечить согласованные версии на всех машинах? (Это может показаться OT, но правильная установка пакета включает наличие правильной версии.)
7. Доступен ли пакет для данной ОС? К сожалению, не все пакеты доступны на разных платформах. Это возвращается к шагу 5. Если возможно, попробуйте найти способ обработки другой ОС, переключившись на соответствующий вариант пакета или отключив зависимость в определенных случаях.

Столкнувшись с этим совсем немного, некоторые из этих шагов становятся довольно рутинными. Хотя № 7 может показаться хорошей отправной точкой, они перечислены в приблизительном порядке частоты, с которой я их использую.

Если это происходит во время проверки вашего пакета (R CMD check), взгляните на NAMESPACE.

Вы можете решить эту проблему, добавив следующее утверждение в NAMESPACE:

exportPattern("^[^\\\\.]")

Это экспортирует все, что не начинается с точки ("."). Это позволяет вам иметь скрытые функции, начиная с точки:

.myHiddenFunction <- function(x) cat("my hidden function")

У меня была ошибка

Ошибка: не удалось найти функцию some.function

случается, когда я делаю проверку CMD пакета, который я делал с RStudio. Я нашел добавление

exportPattern ( "")

чтобы файл NAMESPACE сделал свое дело. В качестве идентификатора я изначально настроил RStudio на использование ROxygen для создания документации - и выбрал конфигурацию, в которой ROxygen будет писать для меня файл NAMESPACE, который стирал мои правки. Итак, в моем случае я снял флажок NAMESPACE из конфигурации Roxygen и добавил exportPattern (".") В NAMESPACE, чтобы устранить эту ошибку.

Эта ошибка может возникать, даже если имя функции допустимо, если отсутствуют некоторые обязательные аргументы (т. Е. Вы не предоставили достаточно аргументов).
Я получил это в контексте Rcpp, где я написал функцию C ++ с необязательными аргументами и не предоставил эти аргументы в R. Похоже, что необязательные аргументы из C ++ были сочтены R. как обязательными. В результате R не смог найти подходящая функция для правильного имени, но неверного числа аргументов.

Функция Rcpp: SEXP RcppFunction(arg1, arg2=0) {}
R Calls: выдает
RcppFunction(0)ошибку
RcppFunction(0, 0)не

Rdocumentation.org имеет очень удобную функцию поиска, которая, среди прочего, позволяет вам находить функции - из всех пакетов в CRAN, а также из пакетов из Bioconductor и GitHub.

Если вы используете, parallelMapвам нужно будет экспортировать пользовательские функции в подчиненные задания, в противном случае вы получите сообщение об ошибке «не удалось найти функцию».

Если вы установили непропущенный уровень для parallelStartтого же аргумента, который должен быть передан parallelExport, в противном случае вы получите ту же ошибку. Так что это должно строго соблюдаться:

parallelStart(mode = "<your mode here>", N, level = "<task.level>")
parallelExport("<myfun>", level = "<task.level>")

Вы можете исправить эту ошибку , указав интервал имени :: вызов функции

comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

в

wordcloud::comparison.cloud(colors = c("red", "green"), max.words = 100)

Я получил то же самое, ошибка, у меня была запущена версия .99xxx, я проверил обновления в меню справки и обновил My RStudio до 1.0x, тогда ошибка не пришла

Это простое решение, просто обновите вашу R Studio