Как добавить оглавление в Rmarkdown?

Question 1

Я использую RStudio для написания документов с уценкой и хочу добавить оглавление (TOC) вверху документов, чтобы пользователь мог щелкнуть соответствующий раздел для чтения. На rpub было несколько подходящих примеров, но сейчас я не могу их найти. Обратите внимание, что я не использую pandocи совсем новичок в Rmd& knitr. Есть ли способ добавить оглавление без использования pandoc? Если использование pandocобязательно, то какие функции актуальны?

РЕДАКТИРОВАТЬ

Вот небольшой образец страницы:

---
title: "Sample Document"
output:
  html_document:
    toc: true
    theme: united
---

Header 1
---------------
This is an R Markdown document. Markdown is a simple formatting syntax for authoring HTML, PDF, and MS Word documents. For more details on using R Markdown see <http://rmarkdown.rstudio.com>.
    
## Header 2
When you click the **Knit** button a document will be generated that includes both content as well as the output of any embedded R code chunks within the document. You can embed an R code chunk like this:
    
```{r}
summary(cars)
```

You can also embed plots, for example:

```{r, echo=FALSE}
plot(cars)
```
### Header 3
Note that the `echo = FALSE` parameter was added to the code chunk to prevent printing of the R code that generated the plot.

Я попробовал запустить это в RStudio v 0.98.864, и это сработало! но, к сожалению, это не сработало на 0.98.501 и 0.98.507. Я работаю над диссертацией в версии 0.98.501, и после обновления RStudio некоторые из моих анализов не сработали. Итак, я вернулся к 0.98.501. Что мне теперь делать? Мне действительно нужны оглавления, но без ущерба для результатов других анализов.

Question 2

Синтаксис

---
title: "Sample Document"
output:
  html_document:
    toc: true
    theme: united
---

в документации . Убедитесь, что это находится в начале вашего документа. Также убедитесь, что у вашего документа действительно есть заголовки, иначе R не сможет сказать, что вы хотите от содержания.

Question 3

Синтаксис с дополнительными параметрами:

---
title: "Planets"
author: "Manoj Kumar"
date: "`r format(Sys.time(), '%B %d, %Y')`"
output: 
  html_document:
    toc: true # table of content true
    toc_depth: 3  # upto three depths of headings (specified by #, ## and ###)
    number_sections: true  ## if you want number sections at each table header
    theme: united  # many options for theme, this one is my favorite.
    highlight: tango  # specifies the syntax highlighting style
    css: my.css   # you can add your custom css, should be in same folder
---

Question 4

Если вы используете pdf_document, вы можете добавить оглавление на новую страницу, что toc: trueне позволяет. Оглавление помещается сразу после названия документа, автора и даты - потому что оно написано на yaml.

Если вы хотите разместить его на новой странице, вы должны использовать латексный язык. Вот что я сделал.

---
title: \vspace{3.5in}"Title"
author: "Name"
date: "`r Sys.Date()`"
output:
   pdf_document:
      fig_caption: true
      number_sections: true
---

\newpage # adds new page after title
\tableofcontents # adds table of contents
\listoffigures
\listoftables
\newpage

Итак, после yaml (фрагмент между ---) я добавил новую страницу using \newpage, затем оглавление using \tableofcontents, список используемых фигур \listoffigures, список таблиц \listoftablesи новую страницу перед всем остальным.

Обратите внимание, что \vspace{3in}в заголовке перед печатью yaml (заголовок и т. Д.) Добавляется вертикальный интервал в 3 дюйма сверху.

Подробнее здесь: https://www.sharelatex.com/learn/Table_of_contents