Извлечь столбец dplyr tbl как вектор

Есть ли более краткий способ получить один столбец таблицы dplyr в качестве вектора из таблицы с базой данных (т. Е. Фрейм / таблица данных не может быть поднабором напрямую)?

require(dplyr)
db <- src_sqlite(tempfile(), create = TRUE)
iris2 <- copy_to(db, iris)
iris2$Species
# NULL

Это было бы слишком легко, так

collect(select(iris2, Species))[, 1]
# [1] "setosa"     "setosa"     "setosa"     "setosa"  etc.

Но это кажется немного неуклюжим.

С dplyr 0.7.0, вы можете использовать, pullчтобы получить вектор из tbl.

library("dplyr")
#> 
#> Attaching package: 'dplyr'
#> The following objects are masked from 'package:stats':
#> 
#>     filter, lag
#> The following objects are masked from 'package:base':
#> 
#>     intersect, setdiff, setequal, union
db <- src_sqlite(tempfile(), create = TRUE)
iris2 <- copy_to(db, iris)
vec <- pull(iris2, Species)
head(vec)
#> [1] "setosa" "setosa" "setosa" "setosa" "setosa" "setosa"

Согласно комментарию @nacnudus, похоже, что pullфункция была реализована в dplyr 0.6:

iris2 %>% pull(Species)

Для более старых версий dplyr, вот изящная функция, которая делает вытягивание столбца более приятным (легче набирать и легче читать):

pull <- function(x,y) {x[,if(is.name(substitute(y))) deparse(substitute(y)) else y, drop = FALSE][[1]]}

Это позволяет вам выполнить одно из следующих действий:

iris2 %>% pull('Species')
iris2 %>% pull(Species)
iris2 %>% pull(5)

В результате чего...

 [1] 21.0 21.0 22.8 21.4 18.7 18.1 14.3 24.4 22.8 19.2 17.8 16.4 17.3 15.2 10.4 10.4 14.7 32.4 30.4 33.9 21.5 15.5 15.2 13.3 19.2 27.3 26.0 30.4 15.8 19.7 15.0 21.4

И это также прекрасно работает с фреймами данных:

> mtcars %>% pull(5)
 [1] 3.90 3.90 3.85 3.08 3.15 2.76 3.21 3.69 3.92 3.92 3.92 3.07 3.07 3.07 2.93 3.00 3.23 4.08 4.93 4.22 3.70 2.76 3.15 3.73 3.08 4.08 4.43
[28] 3.77 4.22 3.62 3.54 4.11

Хороший способ сделать это в v0.2 из dplyr:

iris2 %>% select(Species) %>% collect %>% .[[5]]

Или, если вы предпочитаете:

iris2 %>% select(Species) %>% collect %>% .[["Species"]]

Или, если ваш стол не слишком большой, просто ...

iris2 %>% collect %>% .[["Species"]]

Вы также можете использовать то, unlistчто мне легче читать, потому что вам не нужно повторять имя столбца или указывать индекс.

iris2 %>% select(Species) %>% unlist(use.names = FALSE)

Я бы использовал extract2удобную функцию из magrittr:

library(magrittr)
library(dplyr)

iris2 %>%
  select(Species) %>%
  extract2(1)  

Я бы наверное написал:

collect(select(iris2, Species))[[1]]

Поскольку dplyr предназначен для работы с таблицами данных, лучшего способа получить один столбец данных не существует.

@ Luke1018 предложил это решение в одном из комментариев:

Вы также можете использовать magrittrоператор экспозиции ( %$%), чтобы извлечь вектор из фрейма данных.

Например:

iris2 %>% select(Species) %>% collect() %$% Species

Я думал, что это заслуживает своего собственного ответа.

Если вы привыкли использовать квадратные скобки для индексации, другой вариант - просто обернуть обычный подход к индексированию в вызове deframe () , например:

library(tidyverse)

iris2 <- as_tibble(iris)

# using column name
deframe(iris2[, 'Sepal.Length'])

# [1] 5.1 4.9 4.7 4.6 5.0 5.4

# using column number
deframe(iris2[, 1])

# [1] 5.1 4.9 4.7 4.6 5.0 5.4

Это и pull () являются довольно хорошими способами получить столбец tibble.