Читать текстовый файл фиксированной ширины

93

Я пытаюсь загрузить этот некрасиво отформатированный набор данных в свой сеанс R: http://www.cpc.ncep.noaa.gov/data/indices/wksst8110.for

Weekly SST data starts week centered on 3Jan1990

Nino1+2      Nino3        Nino34        Nino4
Week          SST SSTA     SST SSTA     SST SSTA     SST SSTA 
03JAN1990     23.4-0.4     25.1-0.3     26.6 0.0     28.6 0.3 
10JAN1990     23.4-0.8     25.2-0.3     26.6 0.1     28.6 0.3 
17JAN1990     24.2-0.3     25.3-0.3     26.5-0.1     28.6 0.3

Пока я могу читать строки с

  x = readLines(path)

Но файл смешивает «пробелы» с «-» в качестве разделителей, и я не эксперт по регулярным выражениям. Я ценю любую помощь по превращению этого в красивый и чистый фрейм данных R. благодаря!

r  fixed-width 
— Фернандо
источник
5
И посмотрите, read.fwfчтобы прочитать данные в формате фиксированной ширины.
— Paul Hiemstra
1
Я думаю, что лучше обрабатывать каждую строку. Он смешивает символы '-' с ''.
— Фернандо
В качестве альтернативы вы можете сказать пробел или - это только один символ, поэтому сначала замените все несколько вхождений пробела символом табуляции, а затем разделите все записи, разделенные табуляцией, на - или пробел.
— GitaarLAB
Фиксированная ширина = без разделителей. Это означает, что «-» является знаком минус, и пробелы также не являются разделителями, они просто появляются, когда число не заполняет всю доступную ширину
— Eusebio Rufian-Zilbermann

Ответы:

184

Это файл фиксированной ширины. Используйте, read.fwf()чтобы прочитать:

x <- read.fwf(
  file=url("http://www.cpc.ncep.noaa.gov/data/indices/wksst8110.for"),
  skip=4,
  widths=c(12, 7, 4, 9, 4, 9, 4, 9, 4))

head(x)

            V1   V2   V3   V4   V5   V6   V7   V8  V9
1  03JAN1990   23.4 -0.4 25.1 -0.3 26.6  0.0 28.6 0.3
2  10JAN1990   23.4 -0.8 25.2 -0.3 26.6  0.1 28.6 0.3
3  17JAN1990   24.2 -0.3 25.3 -0.3 26.5 -0.1 28.6 0.3
4  24JAN1990   24.4 -0.5 25.5 -0.4 26.5 -0.1 28.4 0.2
5  31JAN1990   25.1 -0.2 25.8 -0.2 26.7  0.1 28.4 0.2
6  07FEB1990   25.8  0.2 26.1 -0.1 26.8  0.1 28.4 0.3

Обновить

Пакет readr(выпущен в апреле 2015 г.) предоставляет простую и быструю альтернативу.

library(readr)

x <- read_fwf(
  file="http://www.cpc.ncep.noaa.gov/data/indices/wksst8110.for",   
  skip=4,
  fwf_widths(c(12, 7, 4, 9, 4, 9, 4, 9, 4)))

Сравнение скорости: readr::read_fwf()было примерно в 2 раза быстрее, чем utils::read.fwf ().

— Андри
источник
10
@Andrie, как вы узнали, какая ширина и пропуски?
— Коба
12
@Koba: Я скопировал и вставил одну из строк в текстовый редактор, у которого было количество столбцов, и вручную подсчитал ширину для каждого столбца (включая пробелы, если это необходимо). Также вы можете сказать, что вам нужно пропустить 4 целых строки, прежде чем вы перейдете к необработанным данным.
— rayryeng
5
Ответ @Pavithra ниже с отрицательной шириной столбца для пропуска нежелательных пробелов может быть лучше подходит для принятого ответа.
— Мариус Бутук
1
@Andrie Как вы получили значения fwf_widths?
— BICube
3
@Ala, я думаю, попытаюсь readr::fwf_emptyугадать ширину для вас. В примерах readr::read_fwfпоказано использование readr::fwf_empty.
— Джейк Фишер
55

Другой способ определения ширины ...

df <- read.fwf(
  file=url("http://www.cpc.ncep.noaa.gov/data/indices/wksst8110.for"),
  widths=c(-1, 9, -5, 4, 4, -5, 4, 4, -5, 4, 4, -5, 4, 4),
  skip=4
)

-1 в аргументе ширины говорит о том, что есть односимвольный столбец, который следует игнорировать, -5 в аргументе ширины говорит, что есть пятисимвольный столбец, который также следует игнорировать ...

ссылка: https://www.inkling.com/read/r-cookbook-paul-teetor-1st/chapter-4/recipe-4-6

— Павитра Гунасекара
источник
20

Во-первых, этот вопрос взят непосредственно из курса Ликса Coursera «Получить данные и очистить их». Хотя есть еще одна часть вопроса, самая сложная часть - это чтение файла.

Тем не менее, курс в основном предназначен для обучения.

Я ненавижу процедуру фиксированной ширины в R. Это медленно, и для большого количества переменных очень быстро становится затруднительно игнорировать определенные столбцы и т. Д.

Я думаю, что его проще использовать, readLines()а затем из этого использовать substr()ваши переменные

x <- readLines(con=url("http://www.cpc.ncep.noaa.gov/data/indices/wksst8110.for"))

# Skip 4 lines
x <- x[-(1:4)]

mydata <- data.frame(var1 = substr(x, 1, 10),
                     var2 = substr(x, 16, 19),
                     var3 = substr(x, 20, 23),
                     var4 = substr(x, 29, 32)  # and so on and so on
                     )
— Джеймс Холланд
источник
2
Этот подход сработал для меня. Два дополнительных совета: 1) вы можете определить mydata как только те данные, которые вам нужны. Это может быть так просто, как mydata <- data.frame(var4 = substr(x,29,32))если бы вам нужен только четвертый столбец данных. Кроме того, для пользователей Windows Notepad ++ с подключаемым модулем TextFX предоставит вам простую и понятную линейку с подсчетом символов, чтобы вы могли понять, что вводить в начальное и конечное значения substr. Однако обратите внимание, что значение остановки на единицу больше, чем позиция последнего символа, который вы хотите сохранить.
— globalSchmidt
13

Теперь вы можете использовать эту read_fwf()функцию в readrпакете Hadley Wickham .

Следует ожидать огромного улучшения производительности по сравнению с базовой read.fwf().

— Лайонел Генри
источник
5

Я документирую здесь список альтернатив для чтения файлов фиксированной ширины в R, а также предоставляю некоторые тесты, которые являются самыми быстрыми.

Я предпочитаю комбинировать freadс stringi; он конкурентоспособен как самый быстрый подход и имеет дополнительное преимущество (IMO) хранения ваших данных в виде data.table:

library(data.table)
library(stringi)

col_ends <- 
  list(beg = c(1, 10, 15, 19, 23, 28, 32, 36,
               41, 45, 49, 54, 58),
       end = c(9, 14, 18, 22, 27, 31, 35,
               40, 44, 48, 53, 57, 61))

data = fread(
  "http://www.cpc.ncep.noaa.gov/data/indices/wksst8110.for", 
  header = FALSE, skip = 4L, sep = NULL
  )[, lapply(1:(length(col_ends$beg)),
             function(ii) 
               stri_sub(V1, col_ends$beg[ii], col_ends$end[ii]))
    ][ , paste0("V", c(2, 5, 8, 11)) := NULL]
#              V1   V3   V4   V6   V7   V9  V10  V12  V13
#    1: 03JAN1990 23.4 -0.4 25.1 -0.3 26.6  0.0 28.6  0.3
#    2: 10JAN1990 23.4 -0.8 25.2 -0.3 26.6  0.1 28.6  0.3
#    3: 17JAN1990 24.2 -0.3 25.3 -0.3 26.5 -0.1 28.6  0.3
#    4: 24JAN1990 24.4 -0.5 25.5 -0.4 26.5 -0.1 28.4  0.2
#    5: 31JAN1990 25.1 -0.2 25.8 -0.2 26.7  0.1 28.4  0.2
#   ---                                                  
# 1365: 24FEB2016 27.1  0.9 28.4  1.8 29.0  2.1 29.5  1.4
# 1366: 02MAR2016 27.3  1.0 28.6  1.8 28.9  1.9 29.5  1.4
# 1367: 09MAR2016 27.7  1.2 28.6  1.6 28.9  1.8 29.6  1.5
# 1368: 16MAR2016 27.5  1.0 28.8  1.7 28.9  1.7 29.6  1.4
# 1369: 23MAR2016 27.2  0.9 28.6  1.4 28.8  1.5 29.5  1.2

Обратите внимание, что freadавтоматически удаляются начальные и конечные пробелы - иногда это нежелательно, и в этом случае устанавливается strip.white = FALSE.

Мы также могли бы начать с вектора ширины столбцов ww, выполнив:

ww <- c(9, 5, 4, 4, 5, 4, 4, 5, 4, 4, 5, 4, 4)
nd <- cumsum(ww)

col_ends <-
  list(beg = c(1, nd[-length(nd)]+1L),
       end = nd)

И мы могли бы выбрать, какие столбцы исключить более надежно, используя отрицательные индексы, например:

col_ends <- 
  list(beg = c(1, -10, 15, 19, -23, 28, 32, -36,
               41, 45, -49, 54, 58),
       end = c(9, 14, 18, 22, 27, 31, 35,
               40, 44, 48, 53, 57, 61))

Затем замените col_ends$beg[ii]на abs(col_ends$beg[ii])и в следующей строке:

paste0("V", which(col_ends$beg < 0))

Наконец, если вы хотите, чтобы имена столбцов также считывались программно, вы можете очистить их с помощью readLines:

cols <-
  gsub("\\s", "", 
       sapply(1:(length(col_ends$beg)),
              function(ii) 
                stri_sub(readLines(URL, n = 4L)[4L], 
                         col_ends$beg[ii]+1L,
                         col_ends$end[ii]+1L)))

cols <- cols[cols != ""]

(обратите внимание, что объединение этого шага с freadпотребует создания копии таблицы, чтобы удалить строку заголовка, и, таким образом, будет неэффективно для больших наборов данных)

— Майкл Кирико
источник
4

Я ничего не знаю о R, но могу предоставить вам регулярное выражение, которое будет соответствовать таким строкам:

\s[0-9]{2}[A-Z]{3}[0-9]{4}(\s{5}[0-9]+\.[0-9]+[ -][0-9]+\.[0-9]+){4}
— 11684
источник
Используя наш сайт, вы подтверждаете, что прочитали и поняли нашу Политику в отношении файлов cookie и Политику конфиденциальности.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.