Передача аргументов командной строки в R CMD BATCH

Я использую R CMD BATCH my_script.Rтерминал для выполнения Rсценария. Сейчас я нахожусь в той точке, где я хотел бы передать аргумент команде, но у меня возникли некоторые проблемы с его работой. Если я это сделаю, R CMD BATCH my_script.R blablaто он blablaстанет выходным файлом, а не будет интерпретироваться как аргумент, доступный для выполняемого сценария R.

Я пробовал, Rscript my_script.R blablaчто, кажется, правильно передается blablaв качестве аргумента, но тогда я не получаю my_script.Routвыходной файл, с которым я получаю R CMD BATCH(мне нужен .Routфайл). Хотя я мог перенаправить вывод вызова Rscriptна имя файла по своему выбору, я не получал бы входные команды R, включенные в файл, как это R CMD BATCHпроисходит в .Routфайле.

Итак, в идеале я ищу способ передать аргументы сценарию R, выполняемому через этот R CMD BATCHметод, хотя был бы доволен подходом, использующим, Rscriptесли есть способ заставить его создать сопоставимый .Routфайл.

Мне кажется, что это что- R CMD BATCHто вроде реликвии. В любом случае, более свежий Rscriptисполняемый файл (доступный на всех платформах) вместе с commandArgs()упрощает обработку аргументов командной строки.

В качестве примера вот небольшой сценарий - назовите его "myScript.R":

## myScript.R
args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)
rnorm(n=as.numeric(args[1]), mean=as.numeric(args[2]))

А вот как выглядит его вызов из командной строки

> Rscript myScript.R 5 100
[1]  98.46435 100.04626  99.44937  98.52910 100.78853

Редактировать:

Не то, что я рекомендовал бы, но ... с использованием комбинации source()и sink()вы могли бы получить , Rscriptчтобы произвести .Routфайл подобного производства R CMD BATCH. Один из способов - создать небольшой сценарий R - назовите его RscriptEcho.R - который вы вызываете напрямую с помощью Rscript. Это могло бы выглядеть так:

## RscriptEcho.R
args <- commandArgs(TRUE)
srcFile <- args[1]
outFile <- paste0(make.names(date()), ".Rout")
args <- args[-1]

sink(outFile, split = TRUE)
source(srcFile, echo = TRUE)

Чтобы выполнить ваш фактический сценарий, вы должны сделать:

Rscript RscriptEcho.R myScript.R 5 100
[1]  98.46435 100.04626  99.44937  98.52910 100.78853

который будет выполняться myScript.Rс предоставленными аргументами и принимать чередующиеся ввод, вывод и сообщения в одноименный объект .Rout.

Edit2:
вы можете запустить Rscript подробно и поместить подробный вывод в файл.

Rscript --verbose myScript.R 5 100 > myScript.Rout

Попробовав описанные здесь варианты, я нашел этот пост от Forester в r-bloggers. Я думаю, что это чистый вариант для рассмотрения.

Я поместил его код сюда:

Из командной строки

$ R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=1 b=c(2,5,6)' test.R test.out &

Test.R

##First read in the arguments listed at the command line
args=(commandArgs(TRUE))

##args is now a list of character vectors
## First check to see if arguments are passed.
## Then cycle through each element of the list and evaluate the expressions.
if(length(args)==0){
    print("No arguments supplied.")
    ##supply default values
    a = 1
    b = c(1,1,1)
}else{
    for(i in 1:length(args)){
      eval(parse(text=args[[i]]))
    }
}

print(a*2)
print(b*3)

В test.out

> print(a*2)
[1] 2
> print(b*3)
[1]  6 15 18

Спасибо Forester !

Вам нужно поставить аргументы перед my_script.Rи использовать- аргументы, например

R CMD BATCH -blabla my_script.R

commandArgs()-blablaв этом случае будет получена строка символов. Подробнее см. В справке:

$ R CMD BATCH --help
Usage: R CMD BATCH [options] infile [outfile]

Run R non-interactively with input from infile and place output (stdout
and stderr) to another file.  If not given, the name of the output file
is the one of the input file, with a possible '.R' extension stripped,
and '.Rout' appended.

Options:
  -h, --help        print short help message and exit
  -v, --version     print version info and exit
  --no-timing           do not report the timings
  --            end processing of options

Further arguments starting with a '-' are considered as options as long
as '--' was not encountered, and are passed on to the R process, which
by default is started with '--restore --save --no-readline'.
See also help('BATCH') inside R.

В вашем сценарии R называется test.R:

args <- commandArgs(trailingOnly = F)
myargument <- args[length(args)]
myargument <- sub("-","",myargument)
print(myargument)
q(save="no")

Из командной строки запустите:

R CMD BATCH -4 test.R

Ваш выходной файл test.Rout покажет, что аргумент 4был успешно передан R:

cat test.Rout

> args <- commandArgs(trailingOnly = F)
> myargument <- args[length(args)]
> myargument <- sub("-","",myargument)
> print(myargument)
[1] "4"
> q(save="no")
> proc.time()
user  system elapsed 
0.222   0.022   0.236 

Я добавляю ответ, потому что считаю, что однострочное решение всегда хорошо! Поверх вашего myRscript.Rфайла добавьте следующую строку:

eval(parse(text=paste(commandArgs(trailingOnly = TRUE), collapse=";")))

Затем отправьте свой сценарий примерно так:

R CMD BATCH [options] '--args arguments you want to supply' myRscript.R &

Например:

R CMD BATCH --vanilla '--args N=1 l=list(a=2, b="test") name="aname"' myscript.R &

Затем:

> ls()
[1] "N"    "l"    "name"

Вот еще один способ обработки аргументов командной строки, используя R CMD BATCH. Мой подход, основанный на предыдущем ответе здесь , позволяет вам указывать аргументы в командной строке и в вашем сценарии R указывать некоторые или все значения по умолчанию.

Вот R-файл, который я назвал test.R :

defaults <- list(a=1, b=c(1,1,1)) ## default values of any arguments we might pass

## parse each command arg, loading it into global environment
for (arg in commandArgs(TRUE))
  eval(parse(text=arg))

## if any variable named in defaults doesn't exist, then create it
## with value from defaults
for (nm in names(defaults))
  assign(nm, mget(nm, ifnotfound=list(defaults[[nm]]))[[1]])

print(a)
print(b)

В командной строке, если я наберу

R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=2 b=c(2,5,6)' test.R

тогда внутри R у нас будет a= 2и b= c(2,5,6). Но я мог бы, скажем, опустить bи добавить еще один аргумент c:

R CMD BATCH --no-save --no-restore '--args a=2 c="hello"' test.R

Тогда в R у нас будет a= 2, b= c(1,1,1)(по умолчанию) и c="hello" .

Наконец, для удобства мы можем заключить код R в функцию, если мы заботимся о среде:

## defaults should be either NULL or a named list
parseCommandArgs <- function(defaults=NULL, envir=globalenv()) {
  for (arg in commandArgs(TRUE))
    eval(parse(text=arg), envir=envir)

  for (nm in names(defaults))
    assign(nm, mget(nm, ifnotfound=list(defaults[[nm]]), envir=envir)[[1]], pos=envir)
}

## example usage:
parseCommandArgs(list(a=1, b=c(1,1,1)))