Команда R для установки рабочего каталога в расположение исходного файла в Rstudio

Я работаю над некоторыми учебниками по R. Каждый код R содержится в определенной папке. Там есть файлы данных и другие файлы. Я хочу открыть .rфайл и получить его так, чтобы мне не приходилось менять рабочий каталог в Rstudio, как показано ниже:

Есть ли способ автоматически указать мой рабочий каталог в R.

Чтобы получить местоположение исходного сценария, вы можете использовать utils::getSrcDirectoryили utils::getSrcFilename. Таким образом, изменить рабочий каталог на каталог текущего файла можно с помощью:

setwd(getSrcDirectory()[1])

Это не работает в RStudio, если вы запустите код, а не его исходный код . Для этого вам нужно использовать rstudioapi::getActiveDocumentContext.

setwd(dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path))

Это второе решение требует, конечно, использования RStudio в качестве IDE.

Я знаю, что этот вопрос устарел, но я тоже искал решение для этого, и Google перечисляет его в самом верху:

this.dir <- dirname(parent.frame(2)$ofile)
setwd(this.dir)

поместите это где-нибудь в файл (хотя лучше всего было бы начало), чтобы wd изменялся в соответствии с этим файлом.

Согласно комментариям, это может не обязательно работать на каждой платформе (Windows, похоже, работает, Linux / Mac для некоторых). Имейте в виду, что это решение предназначено для «поиска» файлов, а не обязательно для запуска фрагментов в этом файле.

см. также получить имя файла и путь к файлу `source`d

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

работает для меня, но если вы не хотите использовать rstudioapi и не участвуете в проекте, вы можете использовать символ ~ в своем пути. Символ ~ относится к рабочему каталогу RStudio по умолчанию (по крайней мере, в Windows).

Если ваш рабочий каталог RStudio - "D: / Documents", setwd("~/proyect1") он совпадает с setwd («D: / Documents / proyect1»).

После того, как вы установили , что вы можете перейти в подкаталог: read.csv("DATA/mydata.csv"). То же, что и read.csv("D:/Documents/proyect1/DATA/mydata.csv").

Если вы хотите перейти к родительской папке, вы можете использовать "../". Например: read.csv("../olddata/DATA/mydata.csv")это то же самое, что иread.csv("D:/Documents/oldata/DATA/mydata.csv")

Для меня это лучший способ писать сценарии, независимо от того, какой компьютер вы используете.

Этот ответ может помочь:

script.dir <- dirname(sys.frame(1)$ofile)

Примечание: сценарий должен быть получен, чтобы возвращать правильный путь

Я нашел его в: https://support.rstudio.com/hc/communities/public/questions/200895567-can-user-obtain-the-path-of-current-Project-s-directory-

Ответ BumbleBee (с parent.frame вместо sys.frame) мне не помог, я всегда получаю сообщение об ошибке.

Для rstudio вы можете автоматически установить свой рабочий каталог в каталог сценария, используя rstudioapi следующим образом:

library(rstudioapi)

# Getting the path of your current open file
current_path = rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path 
setwd(dirname(current_path ))
print( getwd() )

Это работает при запуске или загрузке файла.

Сначала вам нужно установить пакет rstudioapi. Обратите внимание, я печатаю путь, чтобы быть на 100% уверенным, что нахожусь в нужном месте, но это необязательно.

Решение

dirname(parent.frame(2)$ofile)

не работает для меня.

Я использую алгоритм грубой силы, но работает:

File <- "filename"
Files <- list.files(path=file.path("~"),recursive=T,include.dirs=T)
Path.file <- names(unlist(sapply(Files,grep,pattern=File))[1])
Dir.wd <- dirname(Path.file)

Более простой поиск в каталоге:

Dirname <- "subdir_name"
Dirs <- list.dirs(path=file.path("~"),recursive=T)
dir_wd <- names(unlist(sapply(Dirs,grep,pattern=Dirname))[1])

Если вы работаете в Linux, вы можете попробовать следующее:

setwd(system("pwd", intern = T) )

Меня устраивает.

Я просто искал решение этой проблемы, зашел на эту страницу. Я знаю, что он устарел, но предыдущие решения меня не устраивали или не работали. Вот моя работа, если интересно.

filename = "your_file.R"
filepath = file.choose()  # browse and select your_file.R in the window
dir = substr(filepath, 1, nchar(filepath)-nchar(filename))
setwd(dir)

Я понимаю, что это старый поток, но у меня была аналогичная проблема с необходимостью установить рабочий каталог, и я не мог заставить какое-либо из решений работать на меня. Вот что сработало, на случай, если кто-то еще наткнется на это позже:

# SET WORKING DIRECTORY TO CURRENT DIRECTORY:
system("pwd=`pwd`; $pwd 2> dummyfile.txt")
dir <- fread("dummyfile.txt")
n<- colnames(dir)[2]
n2 <- substr(n, 1, nchar(n)-1)
setwd(n2)

Это немного запутано, но в основном здесь используются системные команды для получения рабочего каталога и сохранения его в dummyfile.txt, затем R читает этот файл с помощью data.table :: fread. Остальное - это просто очистка того, что было напечатано в файле, чтобы у меня остался только путь к каталогу.

Мне нужно было запустить R в кластере, поэтому не было возможности узнать, в каком каталоге я окажусь (заданиям присваивается номер и вычислительный узел). Это помогло мне.

Я понимаю, что это устарело, но я не мог заставить предыдущие ответы работать очень удовлетворительно, поэтому я хотел внести свой метод на случай, если кто-то еще столкнется с той же ошибкой, что и в комментариях к ответу BumbleBee.

Моя основана на простой системной команде. Все, что вы скармливаете функции, - это имя вашего скрипта:

extractRootDir <- function(x) {
    abs <- suppressWarnings(system(paste("find ./ -name",x), wait=T, intern=T, ignore.stderr=T))[1];
    path <- paste("~",substr(abs, 3, length(strsplit(abs,"")[[1]])),sep="");
    ret <- gsub(x, "", path);
    return(ret);
}

setwd(extractRootDir("myScript.R"));

Результат функции будет выглядеть так "/Users/you/Path/To/Script". Надеюсь, это поможет любому, кто застрял.

hereПакет обеспечиваетhere() функцию, которая возвращает свой проект корневого каталога на основе некоторых эвристик.

Не идеальное решение, так как он не находит местоположение сценария, но для некоторых целей этого достаточно, поэтому я решил поместить его здесь.

Большинство графических интерфейсов пользователя предполагают, что если вы находитесь в каталоге и «открываете», дважды щелкаете мышью или иным образом пытаетесь выполнить файл .R, то каталог, в котором он находится, будет рабочим каталогом, если не указано иное. Графический пользовательский интерфейс Mac предоставляет метод для изменения этого поведения по умолчанию, которое можно изменить на панели «Запуск» настроек, которые вы устанавливаете в текущем сеансе, и которое вступит в силу при следующем «запуске». Вы также должны смотреть на:

?Startup

В документации RStudio говорится:

«При запуске через файловую ассоциацию RStudio автоматически устанавливает рабочий каталог на каталог открытого файла». По умолчанию RStudio регистрируется как обработчик для файлов .R, хотя есть также упоминание о возможности установить "ассоциацию" по умолчанию с RStudio для расширений .Rdata и .R. Я не могу сказать, являются ли статусы «обработчик» и «ассоциация» одинаковыми в Linux.

http://www.rstudio.com/ide/docs/using/workspaces

dirname(parent.frame(2)$ofile)  

у меня тоже не работает, но следующее (как предлагается в https://stackoverflow.com/a/35842176/992088 ) работает для меня в ubuntu 14.04

dirname(rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path)

Если вы используете кодировку UTF-8:

path <- rstudioapi::getActiveDocumentContext()$path
Encoding(path) <- "UTF-8"
setwd(dirname(path))

Вам необходимо установить пакет rstudioapi, если вы еще этого не сделали.

Вот еще один способ сделать это:

set2 <- function(name=NULL) {
  wd <- rstudioapi::getSourceEditorContext()$path
  if (!is.null(name)) {
    if (substr(name, nchar(name) - 1, nchar(name)) != '.R') 
      name <- paste0(name, '.R')
  }
  else {
    name <- stringr::word(wd, -1, sep='/')
  }
  wd <- gsub(wd, pattern=paste0('/', name), replacement = '')
  no_print <- eval(expr=setwd(wd), envir = .GlobalEnv)
}
set2()