Причина появления ошибки «плохое магическое число» при загрузке рабочего пространства и как ее избежать?

Я попытался загрузить свое рабочее пространство R и получил эту ошибку:

Error: bad restore file magic number (file may be corrupted) -- no data loaded
In addition: Warning message:
file ‘WORKSPACE_Wedding_Weekend_September’ has magic number '#gets'
   Use of save versions prior to 2 is deprecated 

Меня не особо интересуют технические детали, но в основном то, как я это вызвал и как я могу предотвратить это в будущем. Вот несколько заметок о ситуации:

1. Я запускаю R 2.15.1 на MacBook Pro под управлением Windows XP в разделе bootcamp.
2. Что-то явно не так с этим файлом рабочего пространства, так как он весит всего ~ 80 КБ, в то время как все мои другие обычно> 10 000
3. На выходных я запускал внешнюю программу моделирования в R и сохранял ее результаты для разных объектов. Я запускал несколько итераций модели в течение нескольких дней, например output_Saturday <- call_model ()
4. В выводе модели нет ничего особенного, это просто список со слотами для бета-версий, VC-матриц, спецификаций модели и т. Д.

Я получил эту ошибку, когда случайно использовал load()вместо source()или readRDS().

Также стоит отметить следующее из документа группы R Core, в котором резюмируются изменения в версиях R после v3.5.0 ( здесь ):

R имеет новый формат сериализации (версия 3), который поддерживает настраиваемую сериализацию объектов инфраструктуры ALTREP ... Сериализованные данные в формате 3 не могут быть прочитаны версиями R до версии 3.5.0.

Я столкнулся с этой проблемой, когда сохранил рабочую область в v3.6.0, а затем поделился файлом с коллегой, который использовал v3.4.2. Мне удалось решить проблему, добавив «version = 2» к моей функции сохранения.

Предполагая, что ваш файл называется "myfile.ext"

Если файл, который вы пытаетесь загрузить, не является R-скриптом, вы должны использовать

source("myfile.ext")

вы можете попробовать эту readRDSфункцию и присвоить ее имени переменной:

my.data <- readRDS("myfile.ext")

Магическое число прибывает из систем типа UNIX, где первые несколько байтов файла содержат маркер, указывающий тип файла.

Эта ошибка означает, что вы пытаетесь загрузить файл недопустимого типа в R. По какой-то причине R больше не распознает этот файл как файл рабочей области R.

Установите readrпакет, затем используйте library(readr).

Это также происходит, когда вы пытаетесь load()использовать объект rds вместо использования

object <- readRDS("object.rds")

Я получил ошибку при создании пакета R (используя roxygen2)

Причина в моем случае заключалась в том, что я сэкономил data/mydata.RDataс помощью, saveRDS()а не save(). Напримерsave(iris, file="data/iris.RData")

Это устранило проблему для меня. Я нашел эту информацию здесь

Также обратите внимание, что с save()/ load()объект загружается с тем же именем, с которым он изначально был сохранен (т.е. вы не можете переименовать его, пока он не будет загружен в среду R под тем именем, которое он имел при первоначальном сохранении).

У меня возникла эта проблема, когда я сохранил файл Rdata в более старой версии R, а затем попытался открыть в новой. Решил, обновив мою версию R до последней.

Если вы работаете, devtoolsпопробуйте сохранить файлы с помощью:

devtools::use_data(x, internal = TRUE)

Затем удалите все файлы, сохраненные ранее.

Из документа:

внутренний Если FALSE, сохраняет каждый объект в отдельных файлах .rda в каталоге данных. Они доступны всякий раз, когда пакет загружен. Если TRUE, все объекты сохраняются в одном файле R / sysdata.rda. Эти объекты доступны только в пакете.