Пользователи Expert R, что в вашем .Rprofile? [закрыто]

Я всегда находил файлы профиля запуска других людей полезными и поучительными в отношении языка. Более того, хотя у меня есть некоторые настройки для Bash и Vim , у меня нет ничего для R.

Например, одна вещь, которую я всегда хотел, это разные цвета для ввода и вывода текста в оконном терминале и, возможно, даже подсветка синтаксиса.

Вот мой. Это не поможет вам с окраской, но я понял это из ESS и Emacs ...

options("width"=160)                # wide display with multiple monitors
options("digits.secs"=3)            # show sub-second time stamps

r <- getOption("repos")             # hard code the US repo for CRAN
r["CRAN"] <- "http://cran.us.r-project.org"
options(repos = r)
rm(r)

## put something this is your .Rprofile to customize the defaults
setHook(packageEvent("grDevices", "onLoad"),
        function(...) grDevices::X11.options(width=8, height=8, 
                                             xpos=0, pointsize=10, 
                                             #type="nbcairo"))  # Cairo device
                                             #type="cairo"))    # other Cairo dev
                                             type="xlib"))      # old default

## from the AER book by Zeileis and Kleiber
options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)


options("pdfviewer"="okular")         # on Linux, use okular as the pdf viewer

options(stringsAsFactors=FALSE)

Хотя на самом деле этого нет в моем .Rprofile, потому что это может нарушить код моих соавторов, я бы хотел, чтобы это было по умолчанию. Зачем?

1) Векторы персонажей используют меньше памяти (но только);

2) Что еще более важно, мы бы избежали таких проблем, как:

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x
[1] a b c
Levels: a b c
> x <- c(x, "d")
> x
[1] "1" "2" "3" "d"

и

> x <- factor(c("a","b","c"))
> x[1:2] <- c("c", "d")
Warning message:
In `[<-.factor`(`*tmp*`, 1:2, value = c("c", "d")) :
  invalid factor level, NAs generated

Факторы хороши, когда они вам нужны (например, реализуют упорядочение в графиках), но большую часть времени создают неудобства.

Я ненавижу вводить полные слова «голова», «сводка», «имена» каждый раз, поэтому я использую псевдонимы.

Вы можете поместить псевдонимы в свой файл .Rprofile, но вы должны использовать полный путь к функции (например, utils :: head), иначе она не будет работать.

# aliases
s <- base::summary
h <- utils::head
n <- base::names

РЕДАКТИРОВАТЬ: чтобы ответить на ваш вопрос, вы можете использовать пакет colorout , чтобы иметь разные цвета в терминале. Прохладно! :-)

Вот мой. Я всегда использую основной репозиторий Cran, и у меня есть код, чтобы облегчить получение исходного кода пакета в разработке.

.First <- function() {
    library(graphics)
    options("repos" = c(CRAN = "http://cran.r-project.org/"))
    options("device" = "quartz")
}

packages <- list(
  "describedisplay" = "~/ggobi/describedisplay",
  "linval" = "~/ggobi/linval", 

  "ggplot2" =  "~/documents/ggplot/ggplot",
  "qtpaint" =  "~/documents/cranvas/qtpaint", 
  "tourr" =    "~/documents/tour/tourr", 
  "tourrgui" = "~/documents/tour/tourr-gui", 
  "prodplot" = "~/documents/categorical-grammar"
)

l <- function(pkg) {
  pkg <- tolower(deparse(substitute(pkg)))
  if (is.null(packages[[pkg]])) {
    path <- file.path("~/documents", pkg, pkg)
  } else {
    path <- packages[pkg]
  }

  source(file.path(path, "load.r"))  
}

test <- function(path) {
  path <- deparse(substitute(path))
  source(file.path("~/documents", path, path, "test.r"))  
}

Мне нравится сохранять историю команд R и делать ее доступной каждый раз, когда я запускаю R:

В оболочке или .bashrc:

export R_HISTFILE=~/.Rhistory

в профиле:

.Last <- function() {
        if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
                require(utils)
                try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
        }
}

Вот две функции, которые я считаю удобными для работы с окнами.

Первый преобразует \с в /.

.repath <- function() {
   cat('Paste windows file path and hit RETURN twice')
   x <- scan(what = "")
   xa <- gsub('\\\\', '/', x)
   writeClipboard(paste(xa, collapse=" "))
   cat('Here\'s your de-windowsified path. (It\'s also on the clipboard.)\n', xa, '\n')
 }

Второй открывает рабочий каталог в новом окне проводника.

getw <- function() {
    suppressWarnings(shell(paste("explorer",  gsub('/', '\\\\', getwd()))))
}

У меня есть такой, более динамичный трюк для использования полной ширины терминала, который пытается прочитать из переменной среды COLUMNS (в Linux):

tryCatch(
  {options(
      width = as.integer(Sys.getenv("COLUMNS")))},
  error = function(err) {
    write("Can't get your terminal width. Put ``export COLUMNS'' in your \
           .bashrc. Or something. Setting width to 120 chars",
           stderr());
    options(width=120)}
)

Таким образом, R будет использовать всю ширину, даже если вы измените размер окна терминала.

Большинство моих личных функций и загруженных библиотек находятся в скрипте Rfunctions.r

source("c:\\data\\rprojects\\functions\\Rfunctions.r")


.First <- function(){
   cat("\n Rrrr! The statistics program for Pirates !\n\n")

  }

  .Last <- function(){
   cat("\n Rrrr! Avast Ye, YO HO!\n\n")

  }


#===============================================================
# Tinn-R: necessary packages
#===============================================================
library(utils)
necessary = c('svIDE', 'svIO', 'svSocket', 'R2HTML')
if(!all(necessary %in% installed.packages()[, 'Package']))
  install.packages(c('SciViews', 'R2HTML'), dep = T)

options(IDE = 'C:/Tinn-R/bin/Tinn-R.exe')
options(use.DDE = T)

library(svIDE)
library(svIO)
library(svSocket)
library(R2HTML)
guiDDEInstall()
shell(paste("mkdir C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep=""))
pldir <- paste("C:\\data\\rplots\\plottemp", gsub('-','',Sys.Date()), sep="")

plot.str <-c('savePlot(paste(pldir,script,"\\BeachSurveyFreq.pdf",sep=""),type="pdf")')

Вот из моего ~ / .Rprofile , предназначенного для Mac и Linux.

Это делает ошибки легче увидеть.

options(showWarnCalls=T, showErrorCalls=T)

Я ненавижу выбор меню CRAN, поэтому установите хороший.

options(repos=c("http://cran.cnr.Berkeley.edu","http://cran.stat.ucla.edu"))

Больше истории!

Sys.setenv(R_HISTSIZE='100000')

Следующее предназначено для запуска на Mac OSX из терминала (который я очень предпочитаю R.app, потому что он более стабилен, и вы можете организовать свою работу по каталогу; также убедитесь, что вы получили хороший ~ / .inputrc ). По умолчанию вы получаете дисплей X11, который выглядит не так хорошо; это вместо этого дает кварцевый дисплей такой же, как графический интерфейс. Предполагается, что это ifутверждение должно отражать случай, когда вы запускаете R из терминала на Mac.

f = pipe("uname")
if (.Platform$GUI == "X11" && readLines(f)=="Darwin") {
  # http://www.rforge.net/CarbonEL/
  library("grDevices")
  library("CarbonEL")
  options(device='quartz')
  Sys.unsetenv("DISPLAY")
}
close(f); rm(f)

И предварительно загрузить несколько библиотек,

library(plyr)
library(stringr)
library(RColorBrewer)
if (file.exists("~/util.r")) {
  source("~/util.r")
}

где util.r - случайный пакет с вещами, которые я использую, в потоке.

Кроме того, поскольку другие люди упоминали ширину консоли, вот как я это делаю.

if ( (numcol <-Sys.getenv("COLUMNS")) != "") {
  numcol = as.integer(numcol)
  options(width= numcol - 1)
} else if (system("stty -a &>/dev/null") == 0) {
  # mac specific?  probably bad in the R GUI too.
  numcol = as.integer(sub(".* ([0-9]+) column.*", "\\1", system("stty -a", intern=T)[1]))
  if (numcol > 0)
    options(width=  numcol - 1 )
}
rm(numcol)

На самом деле это не .Rprofileтак, потому что вы должны перезапускать его каждый раз, когда вы изменяете размер окна терминала. У меня есть это util.rтогда, я просто поставляю это по мере необходимости.

Вот мой:

.First <- function () {
  options(device="quartz")
}

.Last <- function () {
  if (!any(commandArgs() == '--no-readline') && interactive()) {
    require(utils)
    try(savehistory(Sys.getenv("R_HISTFILE")))
  }
}

# Slightly more flexible than as.Date
# my.as.Date("2009-01-01") == my.as.Date(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
my.as.Date <- function (a, b=NULL, c=NULL, ...) {
  if (class(a) != "character")
    return (as.Date(sprintf("%d-%02d-%02d", a, b, c)))
  else
    return (as.Date(a))
}

# Some useful aliases
cd <- setwd
pwd <- getwd
lss <- dir
asd <- my.as.Date # examples: asd("2009-01-01") == asd(2009, 1, 1) == as.Date("2009-01-01")
last <- function (x, n=1, ...) tail(x, n=n, ...)

# Set proxy for all web requests
Sys.setenv(http_proxy="http://192.168.0.200:80/")

# Search RPATH for file <fn>.  If found, return full path to it
search.path <- function(fn,
     paths = strsplit(chartr("\\", "/", Sys.getenv("RPATH")), split =
                switch(.Platform$OS.type, windows = ";", ":"))[[1]]) {
  for(d in paths)
     if (file.exists(f <- file.path(d, fn)))
        return(f)
  return(NULL)
}

# If loading in an environment that doesn't respect my RPATH environment
# variable, set it here
if (Sys.getenv("RPATH") == "") {
  Sys.setenv(RPATH=file.path(path.expand("~"), "Library", "R", "source"))
}

# Load commonly used functions
if (interactive())
  source(search.path("afazio.r"))

# If no R_HISTFILE environment variable, set default
if (Sys.getenv("R_HISTFILE") == "") {
  Sys.setenv(R_HISTFILE=file.path("~", ".Rhistory"))
}

# Override q() to not save by default.
# Same as saying q("no")
q <- function (save="no", ...) {
  quit(save=save, ...)
}

# ---------- My Environments ----------
#
# Rather than starting R from within different directories, I prefer to
# switch my "environment" easily with these functions.  An "environment" is
# simply a directory that contains analysis of a particular topic.
# Example usage:
# > load.env("markets")  # Load US equity markets analysis environment
# > # ... edit some .r files in my environment
# > reload()             # Re-source .r/.R files in my environment
#
# On next startup of R, I will automatically be placed into the last
# environment I entered

# My current environment
.curr.env = NULL

# File contains name of the last environment I entered
.last.env.file = file.path(path.expand("~"), ".Rlastenv")

# Parent directory where all of my "environment"s are contained
.parent.env.dir = file.path(path.expand("~"), "Analysis")

# Create parent directory if it doesn't already exist
if (!file.exists(.parent.env.dir))
  dir.create(.parent.env.dir)

load.env <- function (string, save=TRUE) {
  # Load all .r/.R files in <.parent.env.dir>/<string>/
  cd(file.path(.parent.env.dir, string))
  for (file in lss()) {
    if (substr(file, nchar(file)-1, nchar(file)+1) %in% c(".r", ".R"))
      source(file)
  }
  .curr.env <<- string
  # Save current environment name to file
  if (save == TRUE) writeLines(.curr.env, .last.env.file)
  # Let user know environment switch was successful
  print (paste(" -- in ", string, " environment -- "))
}

# "reload" current environment.
reload <- resource <- function () {
  if (!is.null(.curr.env))
    load.env(.curr.env, save=FALSE)
  else
    print (" -- not in environment -- ")
}

# On startup, go straight to the environment I was last working in
if (interactive() && file.exists(.last.env.file)) {
  load.env(readLines(.last.env.file))
}

sink(file = 'R.log', split=T)

options(scipen=5)

.ls.objects <- function (pos = 1, pattern, order.by = "Size", decreasing=TRUE, head =     TRUE, n = 10) {
  # based on postings by Petr Pikal and David Hinds to the r-help list in 2004
  # modified by: Dirk Eddelbuettel (http://stackoverflow.com/questions/1358003/tricks-to-    manage-the-available-memory-in-an-r-session) 
  # I then gave it a few tweaks (show size as megabytes and use defaults that I like)
  # a data frame of the objects and their associated storage needs.
  napply <- function(names, fn) sapply(names, function(x)
          fn(get(x, pos = pos)))
  names <- ls(pos = pos, pattern = pattern)
  obj.class <- napply(names, function(x) as.character(class(x))[1])
  obj.mode <- napply(names, mode)
  obj.type <- ifelse(is.na(obj.class), obj.mode, obj.class)
  obj.size <- napply(names, object.size) / 10^6 # megabytes
  obj.dim <- t(napply(names, function(x)
            as.numeric(dim(x))[1:2]))
  vec <- is.na(obj.dim)[, 1] & (obj.type != "function")
  obj.dim[vec, 1] <- napply(names, length)[vec]
  out <- data.frame(obj.type, obj.size, obj.dim)
  names(out) <- c("Type", "Size", "Rows", "Columns")
  out <- out[order(out[[order.by]], decreasing=decreasing), ]
  if (head)
    out <- head(out, n)
  out
}

Сделайте так, чтобы data.frames отображались как «head», только без необходимости вводить «head»

print.data.frame <- function(df) {
   if (nrow(df) > 10) {
      base::print.data.frame(head(df, 5))
      cat("----\n")
      base::print.data.frame(tail(df, 5))
   } else {
      base::print.data.frame(df)
   }
}

(Из Как сделать так, чтобы «голова» автоматически применялась к выводу? )

У меня часто есть цепочка отладочных вызовов, которые мне нужны, и раскомментирование их может быть очень утомительным. С помощью сообщества SO я выбрал следующее решение и вставил его в свой .Rprofile.site. # BROWSERтам для моих задач Eclipse, так что у меня есть обзор вызовов браузера в окне просмотра задач.

# turn debugging on or off
# place "browser(expr = isTRUE(getOption("debug"))) # BROWSER" in your function
# and turn debugging on or off by bugon() or bugoff()
bugon <- function() options("debug" = TRUE)
bugoff <- function() options("debug" = FALSE) #pun intended

Мой не слишком причудливый

# So the mac gui can find latex
Sys.setenv("PATH" = paste(Sys.getenv("PATH"),"/usr/texbin",sep=":"))

#Use last(x) instead of x[length(x)], works on matrices too
last <- function(x) { tail(x, n = 1) }

#For tikzDevice caching 
options( tikzMetricsDictionary='/Users/cameron/.tikzMetricsDictionary' )

setwd("C://path//to//my//prefered//working//directory")
library("ggplot2")
library("RMySQL")
library("foreign")
answer <- readline("What database would you like to connect to? ")
con <- dbConnect(MySQL(),user="root",password="mypass", dbname=answer)

Я много работаю с базами данных mysql, поэтому подключение - это просто находка. Мне только жаль, что не было способа перечислить доступные базы данных, чтобы мне не пришлось запоминать все разные имена.

Пост Стивена Тернера на .Rprofiles содержит несколько полезных псевдонимов и начальных функций.

Я часто использую его ht и hh.

#ht==headtail, i.e., show the first and last 10 items of an object
ht <- function(d) rbind(head(d,10),tail(d,10))

# Show the first 5 rows and first 5 columns of a data frame or matrix
hh <- function(d) d[1:5,1:5]

Вот мое, в том числе некоторые из упомянутых идей.

Вы можете захотеть взглянуть на две вещи:

• .set.width () / w () обновляет ширину печати до размера терминала. К сожалению, я не нашел способа сделать это автоматически при изменении размера терминала - в документации R упоминается, что это делают некоторые интерпретаторы R.
• история сохраняется каждый раз вместе с отметкой времени и рабочим каталогом

,

.set.width <- function() {
  cols <- as.integer(Sys.getenv("COLUMNS"))
  if (is.na(cols) || cols > 10000 || cols < 10)
    options(width=100)
  options(width=cols)
}

.First <- function() {
  options(digits.secs=3)              # show sub-second time stamps
  options(max.print=1000)             # do not print more than 1000 lines
  options("report" = c(CRAN="http://cran.at.r-project.org"))
  options(prompt="R> ", digits=4, show.signif.stars=FALSE)
}

# aliases
w <- .set.width

.Last <- function() {
  if (!any(commandArgs()=='--no-readline') && interactive()){
    timestamp(,prefix=paste("##------ [",getwd(),"] ",sep=""))
    try(savehistory("~/.Rhistory"))
   }
}

Я использую следующее, чтобы cacheSweave (или pgfSweave) работал с кнопкой «Компилировать PDF» в RStudio:

library(cacheSweave)
assignInNamespace("RweaveLatex", cacheSweave::cacheSweaveDriver, "utils")

Шахта включает в себя , options(menu.graphics=FALSE)потому что мне нравится отключить / подавляют tcltk всплывающее окно для выбора зеркала CRAN в R .

Вот мой. Ничего особенного. Мысли о том, почему конкретный выбор:

• Я пошел с установкой значения по умолчанию для, stringsAsFactorsпотому что я нахожу чрезвычайно утомительным передавать его в качестве аргумента каждый раз, когда я читаю CSV. Тем не менее, это уже вызвало у меня небольшое раздражение при использовании кода, написанного на моем обычном компьютере, на компьютере, который не было моего .Rprofile. Я держу это, хотя, поскольку проблемы, которые это вызвало бледный по сравнению с проблемами, не заставляющими это быть установленным каждый день, чтобы вызвать.
• Если вы не загрузили utilsпакет раньше options(error=recover), он не сможет найти восстановление, если он помещен в interactive()блок.
• Я использовал .dbдля своей настройки Dropbox, а не options(dropbox=...)потому, что я использую его все время внутри, file.pathи это экономит много печатать. Ведущий .удерживает его от появления ls().

Без дальнейших церемоний:

if(interactive()) {
    options(stringsAsFactors=FALSE)
    options(max.print=50)
    options(repos="http://cran.mirrors.hoobly.com")
}

.db <- "~/Dropbox"
# `=` <- function(...) stop("Assignment by = disabled, use <- instead")
options(BingMapsKey="blahblahblah") # Used by taRifx.geo::geocode()

.First <- function() {
    if(interactive()) {
        require(functional)
        require(taRifx)
        require(taRifx.geo)
        require(ggplot2)
        require(foreign)
        require(R.utils)
        require(stringr)
        require(reshape2)
        require(devtools)
        require(codetools)
        require(testthat)
        require(utils)
        options(error=recover)
    }
}

Вот небольшой фрагмент для экспорта таблиц в LaTeX . Он изменяет все имена столбцов на математический режим для многих отчетов, которые я пишу. Остальная часть моего .Rprofile довольно стандартна и в основном описана выше.

# Puts $dollar signs in front and behind all column names col_{sub} -> $col_{sub}$

amscols<-function(x){
    colnames(x) <- paste("$", colnames(x), "$", sep = "")
    x
}

Я установил свою цветовую тему решетки в своем профиле. Вот два других твика, которые я использую:

# Display working directory in the titlebar
# Note: This causes demo(graphics) to fail
utils::setWindowTitle(base::getwd())
utils::assignInNamespace("setwd",function(dir)   {.Internal(setwd(dir));setWindowTitle(base::getwd())},"base")

# Don't print more than 1000 lines
options(max.print=2000)

У меня есть переменная окружения R_USER_WORKSPACE, которая указывает на верхний каталог моих пакетов. В .Rprofile я определяю функцию devlib, которая устанавливает рабочий каталог (чтобы data () работал) и искал все файлы .R в подкаталоге R. Это очень похоже на функцию l () Хэдли выше.

devlib <- function(pkg) {
  setwd(file.path(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."), deparse(substitute(pkg)), "dev"))
  sapply(list.files("R", pattern=".r$", ignore.case=TRUE, full.names=TRUE), source)
  invisible(NULL)
}

.First <- function() {
  setwd(Sys.getenv("R_USER_WORKSPACE", "."))
  options("repos" = c(CRAN = "http://mirrors.softliste.de/cran/", CRANextra="http://www.stats.ox.ac.uk/pub/RWin"))
}

.Last <- function() update.packages(ask="graphics")

Я обнаружил, что две функции действительно необходимы: во-первых, когда я установил debug()несколько функций и исправил ошибку, я хочу использовать undebug()все функции, а не одну за другой. undebug_all()Функция добавлена в общепринятом ответ здесь лучше.

Во-вторых, когда я определил много функций и ищу конкретное имя переменной, его трудно найти во всех результатах ls(), включая имена функций. lsnofun()Функция размещена здесь действительно хорошо.