Как выбрать зеркало CRAN в R

Я пытаюсь установить пакет через приглашение R, выполнив следующие действия:

install.packages('RMySQL')

Но вывод выглядит следующим образом:

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

И ничего больше! Я не могу найти решение этой самой основной проблемы. Что я должен набрать, чтобы выбрать зеркало CRAN?

РЕДАКТИРОВАТЬ:

ОС: Mac-OS X 10.6.8 R Версия: 2.15.0

Вы должны получить окно со списком репозиториев или текстовое меню с некоторыми опциями. Но если этого не происходит, вы всегда можете указать зеркало, из которого вы можете загрузить пакеты самостоятельно, используя reposпараметр. Сделав это, R больше не будет спрашивать вас о хранилище. Пример:

install.packages('RMySQL', repos='http://cran.us.r-project.org')

Здесь у вас есть список зеркал для R.

Вот что я делаю, что в основном прямо со example(Startup)страницы:

## Default repo
local({r <- getOption("repos")
       r["CRAN"] <- "http://cran.r-project.org" 
       options(repos=r)
})

который находится в ~/.Rprofile.

Изменить: Поскольку сейчас 2018 год, мы можем добавить, что в течение последних нескольких лет URL "https://cloud.r-project.org"был предпочтительным, поскольку он отражает a) доступ https и b) CDN "всегда рядом с вами".

Я фанат:

chooseCRANmirror()

Который напечатает список зеркал в выводе (не волнуйтесь, всплывающее окно, так как вы запускаете его из терминала), а затем вы вводите номер, который вы хотите.

Я использую решение ~ / .Rprofile, предложенное Дирком, но я просто хотел отметить, что

chooseCRANmirror(graphics=FALSE)

кажется разумной вещью вместо

chooseCRANmirror(81)

, который может работать, но который включает в себя магическое число 81 (или, может быть, это тонкий способ продвинуть туризм до 81 = Великобритания (Бристоль) :-))

Экран выбора репозитория не может отображаться в вашей системе (OS X), поскольку OS X больше не включает X11. R пытается показать вам подсказку через X11. Установите X11 с http://xquartz.macosforge.org/landing/ . Затем запустите команду установки. Будет показана подсказка для выбора репо.

Если вам нужно установить зеркало неинтерактивным способом (например, выполнить установку rbundler в сценарии развертывания), вы можете сделать это следующим образом:

Сначала запустите вручную:

chooseCRANmirror()

Выберите наиболее подходящий для вас номер зеркала и запомните его. Затем для автоматизации выбора:

R -e 'chooseCRANmirror(graphics=FALSE, ind=87);library(rbundler);bundle()'

Где 87 - это номер зеркала, которое вы хотели бы использовать. Этот фрагмент также устанавливает rbundle для вас. Вы можете опустить это, если хотите.

я использовал

chooseCRANmirror(81)

это дает вам подсказку, чтобы выбрать страну. Затем вы можете сделать выбор, набрав код зеркала страны, указанный там.

Должно появиться выпадающее меню, из которого вы можете выбрать (или вы получите набор номеров), независимо от того, используете ли вы R в терминале или IDE, такую ​​как RStudio. Это поддерживается в Windows, Mac OS и большинстве систем Linux. Однако это может потребовать дополнительной настройки или зависимостей, таких как X-windows.

Чтобы включить X-windows при использовании удаленного доступа, используйте следующие -XYфлаги:

ssh -XY username@server.domain

Часто существует репо по умолчанию, но его можно указать, если у вас есть какие-либо проблемы, такие как запуск сценариев или Rmarkdown / knitr. Вы можете использовать repoopset зеркало или репозиторий для CRAN каждый раз, когда вы устанавливаете с:

install.packages("package", repo="<your.nearest.mirror>")

Для более быстрой загрузки рекомендуется использовать ближайшее к вам зеркало. Например:

install.packages("RMySQL", repos="https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Вы также можете установить reposопцию в своем сеансе, так что вам нужно только один раз за интерактивный сеанс (или сценарий). Вы можете проверить, reposнастроен ли с:

options(repos)

Если вы получили, "Error in options(repos) : object 'repos' not found"вы можете установить опцию хранилища. Например:

options(repos = "https://cran.stat.auckland.ac.nz/")

Тогда он должен работать, чтобы установить пакеты, как обычно. Например:

install.packages("RMySQL")

Как уже упоминалось, вы можете настроить репозиторий в своем .Rprofileфайле и использовать его для всех ваших скриптов. Вам решать, предпочитаете ли вы эти «глобальные» параметры в вашей системе или «локальные» параметры в сеансе или сценарии. Эти «локальные» параметры требуют больше времени для использования каждого сеанса, но имеют преимущество, заключающееся в том, что другие могут использовать ваши сценарии, если у них их нет .Rprofile.

У меня на macOS было именно то, что вы говорите: «Пожалуйста, выберите», и ничего больше.

После того, как я открыл (и обновил; не знаю, было ли это уместно) X-Quartz, а затем перезапустил R и попытался снова, через несколько секунд я получил список зеркал X-окна на выбор. Это было быстрее в третий раз.

Вы также можете отключить все графические меню, запустив это или поместив в свой Rprofile.

options(menu.graphics = FALSE)

Добавить в ~/.Rprofile

local({r <- getOption("repos")
    r["CRAN"] <- "mirror_site"  #for example, https://mirrors.ustc.edu.cn/CRAN/
    options(repos=r)
    options(BioC_mirror="bioc_mirror_site") #if using biocLite
})