[Примечание: отредактировано для модернизации синтаксиса ggplot]
Ваш пример не воспроизводится, так как его нет ex1221new(есть ex1221in Sleuth2, поэтому я думаю, это то, что вы имели в виду). Кроме того, вам не нужно (и не следует) вытаскивать столбцы для отправки ggplot. Одним из преимуществ является то, что ggplotработает data.frameнапрямую с s.
Вы можете установить метки с помощью xlab()и ylab()или сделать его частью scale_*.*вызова.
library("Sleuth2")
library("ggplot2")
ggplot(ex1221, aes(Discharge, Area)) +
geom_point(aes(size=NO3)) +
scale_size_area() +
xlab("My x label") +
ylab("My y label") +
ggtitle("Weighted Scatterplot of Watershed Area vs. Discharge and Nitrogen Levels (PPM)")

ggplot(ex1221, aes(Discharge, Area)) +
geom_point(aes(size=NO3)) +
scale_size_area("Nitrogen") +
scale_x_continuous("My x label") +
scale_y_continuous("My y label") +
ggtitle("Weighted Scatterplot of Watershed Area vs. Discharge and Nitrogen Levels (PPM)")

Альтернативный способ указать только метки (удобно, если вы не меняете какие-либо другие аспекты весов) - использовать labsфункцию
ggplot(ex1221, aes(Discharge, Area)) +
geom_point(aes(size=NO3)) +
scale_size_area() +
labs(size= "Nitrogen",
x = "My x label",
y = "My y label",
title = "Weighted Scatterplot of Watershed Area vs. Discharge and Nitrogen Levels (PPM)")
что дает цифру, идентичную приведенной выше.