Чтение таблицы из файловой базы геоданных ESRI (.gdb) с использованием R

Я пытаюсь прочитать таблицу непосредственно из файловой базы геоданных ESRI в R. Пример файла данных можно скачать здесь . База данных содержит класс точечных объектов (Zone9_2014_01_Broadcast) и две связанные таблицы (Zone9_2014_01_Vessel и Zone9_2014_01_Voyage). Вы можете прочитать шейп readOGR- rgeosфайл в R используя пакет:

library(rgeos)
library(downloader)

download("https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip", dest="Zone9_2014_01.zip", mode="wb")
unzip("Zone9_2014_01.zip", exdir = ".")

#  Not Run (loads large point file)
#  broadcast <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Broadcast")

Две связанные таблицы также показывают, когда вы используете ogrListLayersили ogrInfo. Однако ogrInfoвыдает предупреждение:

Предупреждающее сообщение: В ogrInfo («Zone9_2014_01.gdb», layer = «Zone9_2014_01_Vessel»): ogrInfo: все функции NULL

И если вы попытаетесь использовать readOGRтаблицы, вы получите ошибку:

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

Ошибка в readOGR (dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel"): функции не найдены. Дополнительно: Предупреждение: в ogrInfo (dsn = dsn, layer = layer, encoding = encoding, use_iconv = use_iconv,: ogrInfo: все функции NULL

Таким образом, похоже, что readOGR может прочитать только географические объекты. Есть ли способ импортировать таблицы непосредственно в R или это единственный способ сначала экспортировать их из ArcGIS в виде файлов * .dbf (или * .txt), как в этом ответе?

Кроме того, если кто-то может предоставить вызовы из R в скрипт на python, который автоматизирует экспорт файлов * csv (предпочтительно) или * .dbf, это будет приемлемым решением. Решение просто должно быть масштабируемым и автоматизированным.

Я немного опоздал на вечеринку, но теперь это можно прочитать sf, с

vessel <- sf::st_read(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel")

Он возвращает предупреждение (геометрия объектов отсутствует), а также data.frame с таблицей. Смотрите тему, которая началась здесь: https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-geo/2018-F февраль/026344.html

Я использую GDAL 2.0.2, который «поставляется» с поддержкой FDGB и без стороннего драйвера FGDB для исследования этого материала. Средой тестирования является Debian Jessie 64-bit.

Короче говоря, кажется, что «слой» Zone9_2014_01_Vesselсодержит чистые данные атрибутов, а слой Zone9_2014_01_Broadcastсодержит данные о положении. Вы можете использовать обходной путь в R с помощью системного вызова и диалога GDB с контейнером шейп-файлов (последний скрипт в конце ответа).

Вот следственные действия:

$ mkdir ~/dev.d/gis-se.d/gdb 
$ cd ~/dev.d/gis-se.d/gdb
$ wget https://coast.noaa.gov/htdata/CMSP/AISDataHandler/2014/01/Zone9_2014_01.zip
$ unzip Zone9_2014_01.zip
$ ogrinfo Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel | head -20
Had to open data source read-only.
INFO: Open of `Zone9_2014_01.gdb'
      using driver `OpenFileGDB' successful.

Layer name: Zone9_2014_01_Vessel
Geometry: None <---------------------------- HERE 
Feature Count: 1282
Layer SRS WKT:
(unknown)
FID Column = OID
MMSI: Integer (0.0)
IMO: Integer (0.0)
CallSign: String (255.0)
Name: String (255.0)
VesselType: Integer (0.0)
Length: Integer (0.0)
Width: Integer (0.0)
DimensionComponents: String (255.0)
OGRFeature(Zone9_2014_01_Vessel):1
  MMSI (Integer) = 367603345

Как видите, поле Geometryустановлено на None. Вы можете преобразовать данные в файл формы, используя ogr2ogrи получить также только файл атрибута dbase:

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb Zone9_2014_01_Vessel
$ ls test

Zone9_2014_01_Vessel.dbf

Геометрии (позиции) можно найти в слое Zone9_2014_01_Broadcast.

$ ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb
$ ls test

Zone9_2014_01_Broadcast.dbf  
Zone9_2014_01_Broadcast.shp  
Zone9_2014_01_Broadcast.prj  
Zone9_2014_01_Broadcast.shx  
Zone9_2014_01_Vessel.dbf
Zone9_2014_01_Voyage.dbf

Судно и рейс, не содержащие данных о местоположении в соответствии с протоколом сообщений AIS .

Вот полный обходной путь в R, использующий системный вызов для GDB, чтобы сформировать диалог и пакет foreignдля чтения dbf:

# Load module to get readOGR
require('rgdal');

# Load module to get read.dbf
require('foreign');

# goto the directory with the GDB stuff
setwd('~/dev.d/gis-se.d/gdb')

# Conversation to a shapefile container 
system("ogr2ogr -f 'ESRI SHAPEFILE' test Zone9_2014_01.gdb") 

# read the vessels
vessel <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Vessel.dbf');

# read hte voyage data
voyage <- read.dbf('test/Zone9_2014_01_Voyage.dbf');

# read the geometries in broad cast
broadcast <- readOGR('test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp','Zone9_2014_01_Broadcast')

OGR data source with driver: ESRI Shapefile
Source: "test/Zone9_2014_01_Broadcast.shp", layer: "Zone9_2014_01_Broadcast"
with 1639274 features
It has 10 fields

# is vessel OK?    
head(vessel)

MMSI IMO CallSign Name VesselType Length Width   DimensionC
1 367603345  NA     <NA> <NA>         50     20     6     7,13,3,3
2 563000574  NA     <NA> <NA>         70    276    40 188,88,20,20
3 367449580  NA     <NA> <NA>         31     28    10     9,19,5,5
4 367302503  NA     <NA> <NA>         31     20     8     8,12,4,4
5 304003909  NA     <NA> <NA>         71    222    32 174,48,21,11
6 210080027  NA     <NA> <NA>         71    294    32 222,72,22,10

# is voyage OK?
head(voyage)

VoyageID           Destinatio Cargo Draught        ETA  StartTime    EndTime      MMSI
1       12                 KAKE    50      20       <NA> 2014-01-01       <NA> 367603345
2       23             YOKOHAMA    70     125 2014-01-11 2014-01-01 2014-01-30 563000574
3       38         KETCHIKAN AK    31      40 2014-11-12 2014-01-01       <NA> 367449580
4       52 CLARENCE STRAIT LOGS    31      30 2014-09-12 2014-01-01       <NA> 367302503
5       62               JP TYO    71      90 2014-01-13 2014-01-01 2014-01-31 304003909
6       47           VOSTOCHNYY    71     106 2014-01-13 2014-01-01       <NA> 210080027

Не уверен, что вы можете сделать это с помощью readOGR, но попробуйте

vessel <- readOGR(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layer = "Zone9_2014_01_Vessel", dropNULLGeometries = FALSE)

Если это не сработает, попробуйте ogr2ogrнапрямую, который может экспортировать негеометрии в таблицу. (Возможно, попробуйте пакет R, gdalUtilsчтобы запустить его, как только у вас закончится процесс.)

Недавно была выпущена интеграция между R и ArcGIS от Esri, которая называется R ArcGIS Tools . Он обеспечивает интеграцию между R и ArcGIS, делая возможным взаимозаменяемый доступ к инструментам R и ресурсам ArcGIS. С помощью этой интеграции вы сможете получить доступ к классам / таблицам объектов базы геоданных.

Примеры инструментов R доступны здесь, а примеры инструментов, иллюстрирующих использование R в сценариях геообработки, здесь .

Эта пользовательская функция в основном следует пути, обозначенному @huckfinn, но использует gdalUtilsбиблиотеку, предложенную @mdsumner.

read_GDB_Layer <- function(dsn, layerName, overwrite = T) {
   conversionDir <- tempdir()

   gdalUtils::ogr2ogr(src_datasource_name = dsn, 
                      dst_datasource_name = conversionDir, 
                      f = "ESRI Shapefile", layer = layerName, 
                      verbose = T, overwrite = overwrite)

   df <- foreign::read.dbf(file.path(conversionDir, paste0(layerName, ".dbf")))

   return(df)
}

Запустите это так:

vsl <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Vessel")
vyg <- read_GDB_Layer(dsn = "Zone9_2014_01.gdb", layerName = "Zone9_2014_01_Voyage")

Если вы еще не gdalустановили, вам нужно установить его, чтобы обеспечить доступ к gdalUtils. Вы можете найти двоичные файлы и инструкции по установке 'gdal' здесь .