Вот действительно простой пример
library(raster)
data(volcano)
volcanoR <- raster(volcano)
#making colors below 100 red and above 180 blue in this example
breakpoints <- c(94,100,120,140,160,180,195)
colors <- c("red","white","white","white","white","blue")
plot(volcanoR,breaks=breakpoints,col=colors)

Вам просто нужно передать на график вектор точек останова и вектор цветов, чтобы соответствовать точкам останова. Проверьте RColorbrewer
пакет для некоторых очень хороших встроенных цветных рамп. Также проверьте classInt
пакет для создания точек останова.