На второй вопрос легко ответить. ATmega - это микроконтроллер, который жестко запрограммирован для перезагрузки и возобновления работы после потери питания. Фактически, это то, что кнопка сброса делает на некоторых платах. Многие регуляторы напряжения имеют вывод активации, и его очень легко подключить таким образом, что кнопка сброса фактически отключает питание платы. Каждый раз, когда вы подаете питание, контроллер считывает содержимое в 0x00 (обычно инструкция перехода) и начинает выполнять код.
Первый вопрос, не так много. Удары молнии - довольно серьезные события, и (особенно без схемы) трудно сказать, что произойдет. Я бы посоветовал вам сначала обеспечить некоторую изоляцию для вашей схемы. Небольшой оптоизолятор, вероятно, обеспечит необходимую изоляцию, но вам нужно будет обеспечить питание на стороне высокого напряжения. Более простым способом было бы сделать датчик температуры полностью независимым. Небольшая система MSP430 + MRF24J40 могла работать месяцами на паре батарей и стоить менее 10 долларов, передавая текущую температуру каждые пару минут. Кроме того, при освещении не будет простого пути к заземлению через чувствительный провод, а это значит, что молния, скорее всего, ударит в другом месте. Самый простой способ (также с наименьшей вероятностью выжить при ударе) - это поместить стабилитрон поперек термистора. Тем не менее, вы должны быть осторожны с компенсацией ваших измерений для токов утечки через стабилитрон.
Если вы не можете смириться с возможностью того, что датчик температуры будет разрушен ударом молнии (что является интересным требованием для разработки), вам следует исследовать диоды для подавления переходных напряжений и быть готовыми к некоторым гораздо более высоким системным затратам.