Вам не нужно каждый раз менять опцию. Если вы измените выделение в Инструменты> Параметры> Обозреватель объектов> Сценарии, оно должно сохраниться.
Что касается того, почему не сценарии индексов по умолчанию, я понятия не имею. Не большой вопрос для ваших сверстников; если вам действительно нужен фон, поразите кого-нибудь из команды SSMS и купите ему пиво - возможно, они смогут поделиться им. Вы также можете подумать о том, чтобы отправить предложение на форуме обратной связи по SQL Server (если оно еще не существует), и они, возможно, скажут вам, почему это значение по умолчанию и / или почему они не будут его менять.