У меня была такая же проблема (только с SourceTree, после обновления), и ответ @ kopischke напомнил мне о другой ветке Ask Different, связанной с другой проблемой базы данных LaunchServices:
Почему список приложений «Открыть с помощью» на моем Mac начинает перечислять приложения дважды, а иногда и три раза?
Команда сброса LaunchServices при условии, что она немного отличается от команды @kopischke:
/System/Library/Frameworks/CoreServices.framework/Versions/A/Frameworks/LaunchServices.framework/Versions/A/Support/lsregister -kill -r -domain local -domain system -domain user
Я попробовал это, и это решило мою проблему «Открытие приложения в первый раз». Но это не требовало от меня повторного одобрения всех остальных приложений (только несколько; я не видел очевидной схемы, в которой). Так что, возможно, стоит попробовать это, прежде чем пытаться сделать более раннее предложение