Я бы сохранил его только в папке темы, если ожидал, что значок изменится при смене темы. Который я не
Фавикон является частью общей идентификации сайта, а не функцией CMS. Что делать, если вы используете программное обеспечение не-WP для запуска различных частей сайта - например, фотогалереи, форума или вики (или всего вышеперечисленного)?
Поместите значок в корень веб-сайта, и все пакеты программного обеспечения будут иметь к нему доступ, обычно автоматически (хотя вам, возможно, придется удалить жестко закодированные ссылки из отдельных тем).
(Изменить) Чтобы уточнить: если ссылка не указана, все современные веб-браузеры (кроме Seamonkey, хотя и существует опция для ее включения) автоматически ищут значок в корневом каталоге, то есть example.com/favicon.ico. Таким образом, нет причины добавлять элемент LINK, а веская причина этого не делать.
Кроме того, если элемент LINK искажен (скажем, имеет опечатку), или файл, расположенный там, поврежден или в формате, который браузер не понимает, браузер все равно будет искать /favicon.ico , поэтому файл не будет иметь в ваших логах будет 404 ошибки.
В одном случае уместно использовать ССЫЛКУ, если вы хотите использовать разные значки для разных страниц вашего сайта.