По сути, это началось потому, что некоторые веб-сайты использовали фальшивый пользовательский агент, чтобы сказать, какой браузер кто-то использует, чтобы они могли блокировать браузеры, которые, по их мнению, не будут работать с их сайтами. В частности, веб-сайты блокировали Internet Explorer, потому что он не предлагал столько функций, сколько Netscape Navigator. Вместо простого создания веб-сайта, который работает в разных браузерах, веб-мастера решили полностью заблокировать IE. Чтобы обойти это, Internet Explorer начал помещать Mozilla в свой пользовательский агент (с «совместимым» в скобках).
Другая причина - некоторые браузеры используют один и тот же механизм рендеринга. Например, и Safari, и Chrome используют механизм рендеринга webkit. Firefox и SeaMonkey оба используют геккона. В результате они оба будут иметь части своего пользовательского агента, которые будут соответствовать и / или упоминать другой браузер.
Эта статья содержит более подробное описание истории пользовательского агента.