В файле filetype.vim, поставляемом с вашим дистрибутивом, вы найдете строку, которая, вероятно, похожа на эту (на моей машине она находится /usr/share/vim/vim74):
au BufNewFile,BufRead *.md,*.m2,*.mi setf modula2
Теперь это говорит vim установить тип файла как modula2, если у вашего файла такое окончание.
Чтобы переопределить это поведение, вы можете поместить такую строку в свою собственную .vimrc(взято из Archlinux filetype.vim):
au BufNewFile,BufRead *.markdown,*.mdown,*.mkd,*.mkdn,*.mdwn,*.md set ft=markdown
Редактировать:
Раньше у меня была setfфункция, которая должна быть вызвана, но, похоже, это зарезервированная функция для filetype.vimфайла.
.mdв настоящее время рассматривается в качестве уценки