Ответы:
Вы можете использовать :autocmds, чтобы переключать текущий шаблон поиска (регистр /) при перемещении по окнам и буферам, но Vim никогда не будет выделять разные шаблоны одновременно, поскольку это все еще один глобальный регистр, просто мультиплексированный.
Помимо поиска, вы можете выделить различные модели (также с различными цветами) с помощью встроенного :match, :2match, :3match, и :call matchadd(). Это локальные окна.
Наконец, есть плагины, такие как мой плагин Mark, которые предлагают выделение, поиск, переход к следующему совпадению (аналогично встроенному поиску) для нескольких шаблонов. (На странице плагинов есть ссылки на альтернативные плагины.)