Вопросы с тегом «bioinformatics»

У меня есть file1 лайки: 0 AFFX-SNP-000541 NA 0 AFFX-SNP-002255 NA 1 rs12103 0.6401 1 rs12103_1247494 0.696 1 rs12142199 0.7672 И файл 2: 0 AFFX-SNP-000541 1 0 AFFX-SNP-002255 1 1 rs12103 0.5596 1 rs12103_1247494 0.5581 1 rs12142199 0.4931 И хотел бы файл3 такой, что: 0 AFFX-SNP-000541 NA 1 0 AFFX-SNP-002255 …

33 text-processing  awk  join  bioinformatics 

У меня есть папка с множеством файлов (xyz1, xyz2, вплоть до xyz5025), и мне нужно запустить скрипт для каждого из них, получив xyz1.faa, xyz2.faa и т. Д. В качестве выходных данных. Команда для одного файла: ./transeq xyz1 xyz1.faa -table 11 Есть ли способ сделать это автоматически? Может быть, комбо?

19 shell-script  text-processing  files  scripting  bioinformatics 

В настоящее время этот вопрос не очень подходит для нашего формата вопросов и ответов. Мы ожидаем, что ответы будут подтверждены фактами, ссылками или опытом, но этот вопрос, скорее всего, вызовет дебаты, споры, опрос или расширенное обсуждение. Если вы считаете, что этот вопрос можно улучшить и, возможно, вновь открыть, обратитесь за …

19 linux  distribution-choice  bioinformatics 

Это часть файла N W N N N N N N N N N N C N N N N N N N N N N A N N N N N N N N N N N N N N N N N N N N N G N …

9 text-processing  bioinformatics 

У меня есть файл с разделителями табуляции, который выглядит следующим образом: gene v1 v2 v3 v4 g1 NA NA NA NA g2 NA NA 2 3 g3 NA NA NA NA g4 1 2 3 2 Количество полей в каждой строке фиксировано и одинаково. Я хочу удалить эти строки из …

8 text-processing  awk  perl  bioinformatics